如何在 R Markdown 中全局使用 set.seed()？答案

【问题标题】：How to use set.seed() globally in R Markdown?如何在 R Markdown 中全局使用 set.seed()？
【发布时间】：2017-12-20 01:07:35
【问题描述】：

有人可以提供一个如何在 R Markdown 中全局使用 set.seed() 的工作示例吗？我知道基于this bug report 的Yihui's documentation，但是当我将建议的选项作为knitr::opts_chunk$set(cache.extra = rand_seed) 放在我的设置块中时，我收到一条错误消息。

我错过了什么？我目前在第一个需要它的代码块中有一个随机种子，但后面的块应该使用相同的种子。

[以下更新]

我的设置块：

```{r setup, include=FALSE}
#knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
knitr::opts_knit$set(root.dir = "/Users/Zack/Documents/UCLA/Courses/PP290_NetworkScience")
#library(knitr)
knitr::opts_chunk$set(tidy.opts=list(width.cutoff=80),tidy=TRUE)
knitr::opts_chunk$set(cache.extra = rand_seed)
```

错误：

Show in New WindowClear OutputExpand/Collapse Output
Error in knitr::opts_chunk$set(cache.extra = rand_seed) : 
  object 'rand_seed' not found

使用种子的块是这样的：

```{r section1_3, error=TRUE, cache=FALSE, eval=TRUE, echo=TRUE}
set.seed(01082017)
# A binomial distribution is one that produces a series of numbers according to parameters you pass it.
# We can easily make it produces 1s and 0s and then populate an adjacency matrix with them.
# The last argument controls the ratio of 1s and 0s.  So, half the output will be 1, half will be 0, on average.
rbinom(1,1,.5)
rbinom(1,1,.5)
rbinom(1,1,.5)
rbinom(1,1,.5)
rbinom(1,1,.5)
```

目前，我已经从我的 R Markdown 文件中删除了knitr::opts_chunk$set(cache.extra = rand_seed)。

【问题讨论】：

我对其进行了编辑以使其不是“参考请求”——否则它将被关闭。对我来说，这听起来像是一个有效的问题。有关错误消息的更多信息可能会有所帮助。
你能解释一下你的意思吗？如果您在第一个块中设置种子，则后续块将使用相同的初始种子值。
这是一个非常古老的问题，您还没有提供一个可重现的例子来说明什么不起作用。即使在中间块中使用cache=TRUE，我也会得到可重现的结果。
已更新。我是否将 set.seed() 放入设置块中？
我知道这是一个老问题，但我不清楚文档。我添加的信息有帮助吗？

标签： r markdown r-markdown

【解决方案1】：

我刚刚遇到了同样的问题，我想我已经解决了...将种子放在第一个块中，并在knitr 选项中设置cache = TRUE。希望对你有帮助！

{r, set.seed(333)}
knitr::opts_chunk$set(cache = T)

[your code here]

【讨论】：

【解决方案2】：

```{r setup, include=FALSE}
#knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE) knitr::opts_knit$set(root.dir = 
"/Users/Zack/Documents/UCLA/Courses/PP290_NetworkScience")
#library(knitr) 
knitr::opts_chunk$set(tidy.opts=list(width.cutoff=80),tidy=TRUE) 
knitr::opts_chunk$set(cache.extra = rand_seed)
```

您是否尝试取消注释库（knitr）？

【讨论】：

knitr::opts_chunks$set 无论如何都会将包加载到内存中（不附加命名空间）