使用 dplyr 对 naniar 的输出进行分组，嵌套/取消嵌套，与新版本的 R 兼容答案

【问题标题】：Group output from naniar using dplyr, nesting/unnesting, compatibility with newer version of R使用 dplyr 对 naniar 的输出进行分组，嵌套/取消嵌套，与新版本的 R 兼容
【发布时间】：2019-12-17 11:27:43
【问题描述】：

我运行了一段 R 脚本，以获取重复测量数据框中缺失值的概览。我使用了 tidyverse 中的 naniar 和 dplyr，效果很好。我使用该组合按不同因素（例如研究、日期、参与者...）对输出进行分组：

miss_trigger <- data_mlm_npu_filter[,c("Trigger_counter", "stadi_AU")] %>% 
  group_by(Trigger_counter) %>%
  miss_var_summary()

现在，几个月后，我第一次收到警告信息

#Warning message:
#  `cols` is now required.
#Please use `cols = c(data)`

在搜索警告消息后，我发现嵌套/取消嵌套发生了一些变化，但这些信息并没有帮助我修复警告/哪些更改适用于我的代码。

现在将 R 更新到 3.6.2 后，我得到了：

Error in group_by_fun(data, .fun = miss_var_summary()) : 
  could not find function "group_by_fun"

miss_var_summary 函数本身可以正常工作。所以，我真的很想像以前一样对 naniar 的输出进行分组。我需要做什么？显然，我缺少关于如何自己解决此问题的关键信息或对我正在使用的软件包的理解。

【问题讨论】：

标签： r dplyr grouping naniar

【解决方案1】：

这是新版本 tidyr 引入的错误，现在应该可以了：

library(naniar)
library(dplyr)
#> 
#> Attaching package: 'dplyr'
#> The following objects are masked from 'package:stats':
#> 
#>     filter, lag
#> The following objects are masked from 'package:base':
#> 
#>     intersect, setdiff, setequal, union

oceanbuoys %>% 
  group_by(year) %>% 
  miss_var_summary()
#> # A tibble: 14 x 4
#> # Groups:   year [2]
#>     year variable   n_miss pct_miss
#>    <dbl> <chr>       <int>    <dbl>
#>  1  1997 air_temp_c     77   20.9  
#>  2  1997 latitude        0    0    
#>  3  1997 longitude       0    0    
#>  4  1997 sea_temp_c      0    0    
#>  5  1997 humidity        0    0    
#>  6  1997 wind_ew         0    0    
#>  7  1997 wind_ns         0    0    
#>  8  1993 humidity       93   25.3  
#>  9  1993 air_temp_c      4    1.09 
#> 10  1993 sea_temp_c      3    0.815
#> 11  1993 latitude        0    0    
#> 12  1993 longitude       0    0    
#> 13  1993 wind_ew         0    0    
#> 14  1993 wind_ns         0    0

^{由reprex package (v0.3.0) 于 2020-05-14 创建}

devtools::session_info()
#> ─ Session info ───────────────────────────────────────────────────────────────
#>  setting  value                       
#>  version  R version 4.0.0 (2020-04-24)
#>  os       macOS Mojave 10.14.6        
#>  system   x86_64, darwin17.0          
#>  ui       X11                         
#>  language (EN)                        
#>  collate  en_AU.UTF-8                 
#>  ctype    en_AU.UTF-8                 
#>  tz       Australia/Melbourne         
#>  date     2020-05-14                  
#> 
#> ─ Packages ───────────────────────────────────────────────────────────────────
#>  package     * version     date       lib source                          
#>  assertthat    0.2.1       2019-03-21 [1] CRAN (R 4.0.0)                  
#>  backports     1.1.6       2020-04-05 [1] CRAN (R 4.0.0)                  
#>  callr         3.4.3       2020-03-28 [1] CRAN (R 4.0.0)                  
#>  cli           2.0.2       2020-02-28 [1] CRAN (R 4.0.0)                  
#>  colorspace    1.4-2       2020-02-27 [1] R-Forge (R 4.0.0)               
#>  crayon        1.3.4       2017-09-16 [1] CRAN (R 4.0.0)                  
#>  desc          1.2.0       2018-05-01 [1] CRAN (R 4.0.0)                  
#>  devtools      2.3.0       2020-04-10 [1] CRAN (R 4.0.0)                  
#>  digest        0.6.25      2020-02-23 [1] CRAN (R 4.0.0)                  
#>  dplyr       * 0.8.99.9002 2020-05-04 [1] Github (tidyverse/dplyr@8710f8a)
#>  ellipsis      0.3.0       2019-09-20 [1] CRAN (R 4.0.0)                  
#>  evaluate      0.14        2019-05-28 [1] CRAN (R 4.0.0)                  
#>  fansi         0.4.1       2020-01-08 [1] CRAN (R 4.0.0)                  
#>  fs            1.4.1       2020-04-04 [1] CRAN (R 4.0.0)                  
#>  generics      0.0.2       2018-11-29 [1] CRAN (R 4.0.0)                  
#>  ggplot2       3.3.0       2020-03-05 [1] CRAN (R 4.0.0)                  
#>  glue          1.4.0       2020-04-03 [1] CRAN (R 4.0.0)                  
#>  gtable        0.3.0       2019-03-25 [1] CRAN (R 4.0.0)                  
#>  highr         0.8         2019-03-20 [1] CRAN (R 4.0.0)                  
#>  htmltools     0.4.0       2019-10-04 [1] CRAN (R 4.0.0)                  
#>  knitr         1.28        2020-02-06 [1] CRAN (R 4.0.0)                  
#>  lifecycle     0.2.0       2020-03-06 [1] CRAN (R 4.0.0)                  
#>  magrittr      1.5         2014-11-22 [1] CRAN (R 4.0.0)                  
#>  memoise       1.1.0       2017-04-21 [1] CRAN (R 4.0.0)                  
#>  munsell       0.5.0       2018-06-12 [1] CRAN (R 4.0.0)                  
#>  naniar      * 0.5.1       2020-04-30 [1] CRAN (R 4.0.0)                  
#>  pillar        1.4.4       2020-05-05 [1] CRAN (R 4.0.0)                  
#>  pkgbuild      1.0.8       2020-05-07 [1] CRAN (R 4.0.0)                  
#>  pkgconfig     2.0.3       2019-09-22 [1] CRAN (R 4.0.0)                  
#>  pkgload       1.0.2       2018-10-29 [1] CRAN (R 4.0.0)                  
#>  prettyunits   1.1.1       2020-01-24 [1] CRAN (R 4.0.0)                  
#>  processx      3.4.2       2020-02-09 [1] CRAN (R 4.0.0)                  
#>  ps            1.3.3       2020-05-08 [1] CRAN (R 4.0.0)                  
#>  purrr         0.3.4       2020-04-17 [1] CRAN (R 4.0.0)                  
#>  R6            2.4.1       2019-11-12 [1] CRAN (R 4.0.0)                  
#>  Rcpp          1.0.4.6     2020-04-09 [1] CRAN (R 4.0.0)                  
#>  remotes       2.1.1       2020-02-15 [1] CRAN (R 4.0.0)                  
#>  rlang         0.4.6       2020-05-02 [1] CRAN (R 4.0.0)                  
#>  rmarkdown     2.1         2020-01-20 [1] CRAN (R 4.0.0)                  
#>  rprojroot     1.3-2       2018-01-03 [1] CRAN (R 4.0.0)                  
#>  scales        1.1.1       2020-05-11 [1] CRAN (R 4.0.0)                  
#>  sessioninfo   1.1.1       2018-11-05 [1] CRAN (R 4.0.0)                  
#>  stringi       1.4.6       2020-02-17 [1] CRAN (R 4.0.0)                  
#>  stringr       1.4.0       2019-02-10 [1] CRAN (R 4.0.0)                  
#>  testthat      2.3.2       2020-03-02 [1] CRAN (R 4.0.0)                  
#>  tibble        3.0.1       2020-04-20 [1] CRAN (R 4.0.0)                  
#>  tidyr         1.0.3       2020-05-07 [1] CRAN (R 4.0.0)                  
#>  tidyselect    1.1.0       2020-05-11 [1] CRAN (R 4.0.0)                  
#>  usethis       1.6.1       2020-04-29 [1] CRAN (R 4.0.0)                  
#>  utf8          1.1.4       2018-05-24 [1] CRAN (R 4.0.0)                  
#>  vctrs         0.2.99.9011 2020-05-04 [1] Github (r-lib/vctrs@0ca806c)    
#>  visdat        0.5.3       2019-02-15 [1] CRAN (R 4.0.0)                  
#>  withr         2.2.0       2020-04-20 [1] CRAN (R 4.0.0)                  
#>  xfun          0.13        2020-04-13 [1] CRAN (R 4.0.0)                  
#>  yaml          2.2.1       2020-02-01 [1] CRAN (R 4.0.0)                  
#> 
#> [1] /Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/library

【讨论】：