R Markdown 问题答案

【问题标题】：R Markdown questionsR Markdown 问题
【发布时间】：2014-03-25 18:36:30
【问题描述】：

我是 R markdown 的绝对初学者。我以前不知道LaTeX、Markdown 或knitr。使用 rstudio 版本 0.98.501 中的 markdown 快速参考，我创建了一个看起来与我想要的完全一样的文档。以下是我的问题：

如果我只使用 Rmd 文件（即 File > New File > R Markdown），我还能编译 Pdf 文件吗？我只能看到针织 HTML。我尝试安装 pandoc 并使用以下内容：

# Set working directory
setwd("C:/Users/durraniu/Documents/Trajectory1/knitHtml")

# Load packages
require(knitr)
require(markdown)

system("pandoc -s Trajectory1.html -o Trajectory1.pdf")

虽然 rstudio 中没有警告/错误，但没有生成文件。

如何创建我的文件的 pdf？这个问题的第二部分是：我怎样才能从中创建一个word文档？
我要对一个大文件（大约 200 mb）进行几次分析，然后 rstudio 花了大约 10 分钟的时间通过一项分析来编织文件到目前为止我已经做到了。如果我在文件中附加更多分析，它将永远编织它。为什么rstudio不记得有什么已经被处理成html了？还是我错过了什么？
如何在 R Markdown 中引用参考文献并添加参考书目，如果有什么选择吗？

【问题讨论】：

在代码块头中使用cache 选项，并使用set.seed 使其编织得更快
要制作 PDF，您需要在计算机上安装一个 LaTeX 版本。要制作 word doc，您只需要 pandoc。正如 Richard 所说，在您的代码块中使用 cache 以防止每次编织时重做耗时的计算。请参阅here 了解如何添加参考文献和参考书目的示例
检查the knitr page 了解所有选项的确切含义。
@RichardScriven 和 @Ben 谢谢。我得到了cache 部分。
在某一点上，无论如何编译大量的分析都是非常耗费人力的。也许您可以为您的分析部分制作几个不同的 .rmd 文件。做 gforge 的那个人在 knitr 上做了一个很棒的系列，并把事情变成了文字，所以你可以阅读一下。相对于其他方式（pdf 然后是 word），它比 pdf 更容易。

标签： r markdown knitr pandoc

【解决方案1】：

@Ben 说得对，要创建 PDF，您必须安装 LaTeX（Windows 为 MiKTeX，MacOS 为 MacTeX，Linux 推荐使用 TeXLive）。我不记得 RStudio 给了你一个编织成 PDF 的按钮，我通常使用 pandoc(knit("file.Rmd"), format="latex") 创建 PDF。对于 word 文档，将“latex”替换为“docx”。
@Ben 和@RichardScriven 都提到了cache 的使用。使用set.seed 的内容是为了创造可重复性。（谷歌“可重复性研究”说明为什么这很重要。）set.seed“确保”读者在使用随机性时能够得到相同的响应。
pandoc user guide 描述引文和参考书目。

【讨论】：