【问题标题】:Ignore all errors occurring when knitting R markdown (Rmd) file?忽略编织 R markdown (Rmd) 文件时发生的所有错误?
【发布时间】:2019-08-14 09:09:44
【问题描述】:

我知道如何ignore R errors when knitting,但是是否可以编织整个 Markdown 文档(或尽可能多地)同时忽略编织时发生的所有错误?

例如,如果一个包丢失,无论如何都要编织文档(尽其所能)。

作为一个示例用例,当您想快速编织一个 Rmd(可能只是为了快速检查某些内容),但发生了一些您知道不会影响您希望查看的部分的其他问题。

【问题讨论】:

  • 以笔记本方式使用Rmd 怎么样,即直接执行块?这在 RStudio 中很容易做到。
  • @RalfStubner 好主意。理想情况下,我想快速生成整个 html 文档。我的确切用例是我克隆了某人的 Rmd,我不关心它的 90%,只是想快速编织它以检查一些东西(无需对特定代码进行大量挑剔的更改块)。理想情况下,类似rmarkdown::render(input="myfile.Rmd", errors=FALSE)(errors = false 部分不是该函数的实际参数)
  • 在渲染之前在文件开头添加一个带有knitr::opts_chunk$set(error = TRUE)的代码块怎么样?

标签: r r-markdown knitr


【解决方案1】:

您可以将文档设置为在出现错误时不停止。

knitr::opts_chunk$set(
  error = TRUE, # do not interrupt in case of errors
)

对于警告消息和在针织文档中包含代码也是如此。

knitr::opts_chunk$set(
  warning = TRUE, # show warnings
  message = TRUE, # show messages
  error = TRUE, # do not interrupt generation in case of errors,
  echo = TRUE  # show R code
)

如果您想在本地执行此操作,可以将 error=TRUE 添加到特定块。

```{r error=TRUE}
# code that will fail.
```

【讨论】:

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