R网状无法找到已安装的python库

Question

我正在冒险在 R 中使用 Reticulate 并且在安装软件包时遇到了麻烦，特别是 psycopg2，但我也尝试安装 twisted，结果相同。

在 R 中加载 reticulate 后，我再次检查以确保我的包已安装：

> conda_install(envname = "r-reticulate", packages="psycopg2")
Solving environment: ...working... done

# All requested packages already installed.

看起来不错。所以我将我的 condaenv 设置为 r-reticulate 只是为了确定。文档说我不应该这样做，但它不应该受到伤害：

> use_condaenv( "r-reticulate")

然后我尝试导入psycopg2：

> psycopg2 <- import('psycopg2')
Error in py_module_import(module, convert = convert) : 
  ImportError: No module named psycopg2

如果我以同样的方式安装twisted，我会得到同样的错误：

> twisted <- import('twisted')
Error in py_module_import(module, convert = convert) : 
  ImportError: No module named twisted

那么，我在这里做错了什么？

下面是conda_list 和py_config 的输出...我期待py_config 在我的r-reticulate 环境中向我显示python exe 的路径。但是我没有任何东西可以与之比较，所以我的期望可能是错误的。

> conda_list()
          name                                                                              python
1     Anaconda                     C:\\Users\\jal\\AppData\\Local\\Continuum\\Anaconda\\python.exe
2 r-reticulate C:\\Users\\jal\\AppData\\Local\\Continuum\\Anaconda\\envs\\r-reticulate\\python.exe

> py_config()
python:         C:\Users\jal\AppData\Local\CONTIN~1\Anaconda\python.exe
libpython:      C:/Users/jal/AppData/Local/CONTIN~1/Anaconda/python27.dll
pythonhome:     C:\Users\jal\AppData\Local\CONTIN~1\Anaconda
version:        2.7.15 |Anaconda custom (64-bit)| (default, May  1 2018, 18:37:09) [MSC v.1500 64 bit (AMD64)]
Architecture:   64bit
numpy:          C:\Users\jal\AppData\Local\CONTIN~1\Anaconda\lib\site-packages\numpy
numpy_version:  1.14.3
pandas:         C:\Users\jal\AppData\Local\CONTIN~1\Anaconda\lib\site-packages\pandas

python versions found: 
 C:\Users\jal\AppData\Local\CONTIN~1\Anaconda\python.exe
 C:\Users\jal\AppData\Local\CONTIN~1\ANACON~1\python.exe

Answer 1

一时兴起，我下载并安装了最新的 RStudio 桌面 (1.​​2.701) 并从 1.1.442 升级。这似乎解决了我的问题。包加载，我现在看到，当我运行 py_config 时，我看到了反映我的环境选择的路径，正如我所期望的那样。

> py_config()
python:         C:\Users\jal\AppData\Local\Continuum\Anaconda\envs\r-reticulate\python.exe
libpython:      C:/Users/jal/AppData/Local/Continuum/Anaconda/envs/r-reticulate/python36.dll
pythonhome:     C:\Users\jal\AppData\Local\CONTIN~1\Anaconda\envs\R-RETI~1
version:        3.6.5 |Anaconda, Inc.| (default, Mar 29 2018, 13:32:41) [MSC v.1900 64 bit (AMD64)]
Architecture:   64bit
numpy:          C:\Users\jal\AppData\Local\CONTIN~1\Anaconda\envs\R-RETI~1\lib\site-packages\numpy
numpy_version:  1.14.3
psycopg2:       C:\Users\jal\AppData\Local\CONTIN~1\Anaconda\envs\R-RETI~1\lib\site-packages\psycopg2

python versions found: 
 C:\Users\jal\AppData\Local\Continuum\Anaconda\envs\r-reticulate\python.exe
 C:\Users\jal\AppData\Local\CONTIN~1\Anaconda\python.exe
 C:\Users\jal\AppData\Local\CONTIN~1\ANACON~1\python.exe

Answer 2

我通过以下方式解决了我的问题：

• 关闭 RStudio。
• 打开终端并激活您想要的环境。
• 通过$ open -na Rstudio 运行 RStudio

现在你有你的anac了

Answer 3

我在 RStudio 中按照这种方式解决了我的问题：

py_config() 找不到 Python 的非系统安装。 您想下载并安装 Miniconda 吗？ Miniconda 是 Python 的开源环境管理系统。 详情请见https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html。

您想安装 Miniconda 吗？ [是/否]：是的

• 正在下载“https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Windows-x86_64.exe”... 尝试 URL 'https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Windows-x86_64.exe' 内容类型 'application/octet-stream' 长度 57256056 字节 (54.6 MB) 已下载 54.6 MB

• 正在安装 Miniconda -- 请稍等...