如何在 R 中使用 Reticulate 导入 python 包答案

【问题标题】：How to import python packages using Reticulate in R如何在 R 中使用 Reticulate 导入 python 包
【发布时间】：2020-08-24 22:01:07
【问题描述】：

我已经学习 python 大约一年了。我刚刚下载了 R 以尝试将 Python 与Reticulate 一起使用。我的所有 python 包 pip 都安装在名为 base 的 anaconda 基础环境中。除了熊猫，我正在让一切正常工作。这是最奇怪的事情。

这是我的代码：

{r}
library(reticulate)
use_condaenv(“base”)

{python}
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt

这很好用，我可以在 RStudio 中使用这两个包。但是，当我尝试import pandas as pd 时，我得到了错误

ImportError: No Module named pandas...

我肯定在这个基础环境中安装了 pandas pip 以及其他两个包。可以肯定的是，我再次对所有 3 个运行 pip install 进行了仔细检查。为什么熊猫在世界上不起作用？太令人沮丧了！ FWIW：seaborn（和其他软件包）也不起作用，也已安装。

【问题讨论】：

也许你有另一个 Python 安装？你使用的是从 Anaconda 安装的 R 吗？
我没有使用从 Anaconda 安装的 R。会不会是这个问题？
您是否尝试过使用import 导入python 模块？例如library(reticulate) os <- import("os") os$listdir(".") 就像@Eiri 的回答一样，多条蟒蛇可能是问题所在。
如果您安装了 conda，我强烈建议您安装包含它的软件包（例如，conda install pandas）
@PaulH 感谢您的回复。虚拟环境看起来非常非常令人困惑。 conda 和 pip 有什么区别？我第一次下载python时使用的教程建议pip install all packages。

标签： python r reticulate

【解决方案1】：

也许你已经安装了多个版本的 Python 并且在运行 pip freeze 时出现了另一个版本。我建议在你的项目文件夹中安装virtualenv 以避免与其他包冲突。

pip install virtualenv
virtualenv venv
source venv/bin/activate

然后在里面安装pandas。

pip install pandas

您也可以尝试使用pip3 安装pandas。

【讨论】：

如何确定我是否安装了多个 python？
@bismo 运行 ls -l /usr/bin/python*
我运行了它，但我不知道这意味着什么。它返回多行，其中 3 行以 /Python.framework/Versions/2.7/bin/python2.7、/Python.framework/Versions/2.7/bin/python2.7-config 和 Python.framework/Versions/2.7/bin/pythonw2.7 结尾。这是否意味着我（至少）有 3 条不同的蟒蛇？这是怎么回事？
@bismo 不。其中有一堆是符号链接和配置文件。你也有其他版本吗？并运行pip -V 来检查pip 与哪个Python 版本连接。它必须与您正在运行的版本相同。
那是我得到的仅有的 3 个版本。当我运行pip -V 时，它返回了python 3.7，这是我最初下载的。

【解决方案2】：

你可以看看这个来源：

希望对您有所帮助：R Interface to Python

导入 Python 模块

来源：R/python.R

导入指定的 Python 模块以便从 R 中调用。

import(module, as = NULL, convert = TRUE, delay_load = FALSE) 
import_main(convert = TRUE)
import_builtins(convert = TRUE)
import_from_path(module, path = ".", convert = TRUE)

参数

模块

模块名称

作为

模块名称的别名（影响 R 类的名称）。请注意，这是一个高级参数，通常只应在包开发中使用（因为它会影响导入类的 S3 名称，因此会干扰 S3 方法调度）。

转换

TRUE 可自动将 Python 对象转换为其 R 等效对象。如果您通过了 FALSE，您可以使用 py_to_r() 函数进行手动转换。

延迟加载

TRUE 延迟加载模块，直到它首次使用。 FALSE 立即加载模块。如果提供了一个函数，那么它将在模块加载后被调用。如果提供了包含 on_load() 和 on_error(e) 元素的列表，则 on_load() 将在成功加载时调用，如果发生错误则调用 on_error(e)。

路径

导入路径

价值

一个 Python 模块

详情

import_from_path 函数从任意文件系统路径导入 Python 模块（指定 Python 脚本的目录会自动添加到 sys.path）。

例子

if (FALSE) 
{ 
    main <- import_main() 
    sys <- import("sys") 
 }

【讨论】：

仅链接的答案不适用于本网站。请总结那里找到的相关信息。

【解决方案3】：

您似乎在使用基于“框架”输出的 Mac。 Python 2.7 是 Mac 上的基础版本。最好的办法是安装 Anaconda3，它将创建一个单独的新基础环境。

对于 reticulate，您需要 PyQt5 来使用 R Markdown 渲染 Python。因此，请执行以下步骤进行设置：

下载并安装 Anaconda
conda create --name cloned_env --clone original_env 所以看起来像这样 conda create --name reticulate --clone base
conda activate reticulate激活环境
pip install PyQT5进入网状环境

现在检查你的 Python：

which python3

这将为您提供一个路径中包含Anaconda3 的路径。在标准（Documents）目录中创建一个名为.Renviron.txt的文本文件

添加以下代码：

RETICULATE_PYTHON="your path from which python3"

例如，我的是下面的，你的应该是 anaconda 的：

RETICULATE_PYTHON="/anaconda3/bin/python"

也可以

RETICULATE_PYTHON="/anaconda3/envs/reticulate"

然后，当您启动 RStudio 时，您应该拥有所需的一切。

有据可查的是，这个命令不起作用：

use_condaenv(“base”)

在 R 中，检查命令 Sys.getenv() 它应该确认您的 RETICULATE_PYTHON 变量已设置为您在 .Renviron 文件中指定的路径。

在这个链接上有更多关于这个的讨论：

Unable to change Python path in reticulate

【讨论】：