如何从 irr 输出生成 r-markdown 的汇总表（flextable）？答案

【问题标题】：How to generate a summary table (flextable) for r-markdown from irr output?如何从 irr 输出生成 r-markdown 的汇总表（flextable）？
【发布时间】：2020-11-23 23:24:07
【问题描述】：

我已经使用 irr 包运行了 3 种不同的 Kappa2 分析。

library(irr)

data("diagnoses", package = "irr")

# Analysis 1
kappa2(diagnoses[, c("rater1", "rater2")], weight = "unweighted")

# Analysis 2
kappa2(diagnoses[, c("rater1", "rater3")], weight = "unweighted")

# Analysis 3
kappa2(diagnoses[, c("rater3", "rater2")], weight = "unweighted")

是否有一种好方法可以将输出摘要生成为 r markdown 的表示表（如果可能，则为弹性表）？我正在寻找一张桌子：分析 1、分析 2 和分析 3 作为行。主题、评分者、Kappa、z 和 p 值作为列。

【问题讨论】：

标签： r r-markdown flextable irr

【解决方案1】：

这样的事情对你的情况有用吗？

我们将所有分析收集在一个列表中，并使用lapply从中提取相关值。

library(irr)

analysis1 <- kappa2(diagnoses[, c("rater1", "rater2")], weight = "unweighted")
analysis2 <- kappa2(diagnoses[, c("rater1", "rater3")], weight = "unweighted")
analysis3 <- kappa2(diagnoses[, c("rater3", "rater2")], weight = "unweighted")
list_model <- dplyr::lst(analysis1, analysis2, analysis3)

purrr::map_df(list_model, function(x) {
            data.frame(Subjects = x$subjects, 
                       Raters = x$raters, 
                       kappa = x$value, 
                       p_value = x$p.value)
}) -> result

flextable::flextable(cbind(model = names(list_model), result))

【讨论】：