Rmarkdown文件成功编织为PDF，但从R调用时出错

Question

我编写了一个 Rmarkdown 文件，它加载一些数据并生成一个很酷的 kableExtra 表，其中包含一些符号和自定义颜色和线条，并将其打印为 pdf。

当我打开 Rmarkdown 文件并编织时效果很好，并产生了我想要的确切输出。

我现在想使用一个 R 脚本循环遍历数据的一些不同子集，为每个子集生成一个新表（和单独的输出 pdf）。所以，我需要从 .R 文件中调用我的 .Rmd 文件。

但是，当我这样做时（使用 rmarkdown::render 函数），我得到了直接从 .Rmd 文件中编织时不会发生的错误。

下面是一个功能齐全的 .Rmd 文件，它与我用于处理真实数据的文件类似。我从第二个 R 脚本调用它，使用 rmarkdown::render("table_creator.Rmd", pdf_document(latex_engine = "xelatex")) 行。

我遇到的第一个错误是Error: Functions that produce HTML output found in document targeting latex output.。我将always_allow_html: yes 添加到.Rmd 文件的标题中，然后重试。再次直接编织 .Rmd 文件可以正常工作。现在从 .R 脚本调用它会产生错误： ! Undefined control sequence. l.94 ...oup\fontsize{16}{18}\selectfont \textcolor [HTML]{ffde71}{$\bullet$}\...

在这一点上，我认为渲染的设置与我直接编织 .Rmd 文件时使用的设置不同。几乎就像它没有解析 .Rmd 文件中的完整标头一样，但我不确定。我不知道如何在这一点上进行，希望能提供任何帮助。

---
title: ""
output:
  pdf_document:
    latex_engine: xelatex
header-includes:
- \usepackage[T1]{fontenc}
- \setmainfont{Helvetica}
- \DeclareTextCommand{\nobreakspace}{TU}{\leavevmode\nobreak\ }
---

```{r, echo=FALSE, message = FALSE, warning = FALSE}
# Packages
suppressMessages(library(kableExtra))
suppressMessages(library(dplyr))

table_info <- data.frame(Symbol = c("$\\bullet$", "$\\blacksquare$",
                                    "$\\blacklozenge$", "x", "+", "$\\bullet$"),
                         Name = letters[1:6],
                         Results = sample(c("good", "bad"), 6, replace = TRUE),
                         FontSize = c(16, 10, 11, 16, 16, 18),
                         Color = c("#ffde71", "#0c0000", "#0c0000", "#0c0000",
                                   "#0c0000", "#cb6f86"))

 ktable <- table_info %>%
     mutate(Symbol = cell_spec(Symbol, color = Color, 
                              font_size = FontSize,
                              escape = FALSE,
                              format = "latex")) %>%
    select(-Color, -FontSize) %>%
    kable(escape = FALSE, align = c("l", "l", "l"),
          booktabs = TRUE) %>%
    row_spec(1:5, hline_after = TRUE) %>%
    row_spec(1:6, color = "gray") %>%
    column_spec(1, "1.5em")

```

```{r, echo=FALSE}
ktable
```

编辑：附加上下文信息 sessionInfo() 的输出：

会话信息（） R 版本 3.4.3 (2017-11-30) 平台：x86_64-apple-darwin17.3.0（64位） 运行于：macOS High Sierra 10.13.1

矩阵产品：默认 BLAS：/System/Library/Frameworks/Accelerate.framework/Versions/A/Frameworks/vecLib.framework/Versions/A/libBLAS.dylib LAPACK：/System/Library/Frameworks/Accelerate.framework/Versions/A/Frameworks/vecLib.framework/Versions/A/libLAPACK.dylib

语言环境： [1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8

附加的基础包： [1] stats graphics grDevices utils datasets methods base

其他附加包： [1] bindrcpp_0.2 dplyr_0.7.4 kableExtra_0.9.0 rmarkdown_1.9

通过命名空间加载（未附加）： [1] Rcpp_0.12.15 rstudioapi_0.7 bindr_0.1 knitr_1.20 xml2_1.2.0
[6] magrittr_1.5 hms_0.4.2 rvest_0.3.2 munsell_0.4.3 viridisLite_0.3.0 [11] colorspace_1.3-2 R6_2.2.2 rlang_0.1.6 plyr_1.8.4 stringr_1.2.0
[16] httr_1.3.1 tools_3.4.3 htmltools_0.3.6 yaml_2.1.18 assertthat_0.2.0 [21] rprojroot_1.3-2 digest_0.6.15 tibble_1.4.2 readr_1.1.1 glue_1.2.0
[26] evaluate_0.10.1 stringi_1.1.6 compiler_3.4.3pillar_1.1.0 scales_0.5.0
[31] backports_1.1.2 pkgconfig_2.0.1

Answer 1

我将返回此问题，因为我也遇到了非常类似的问题。问题是我能够手动编写 PDF，但是一旦我通过 R 中的脚本完成了它，我就会收到 Error in xml_children(x)[[search]] : subscript out of bounds 错误。

我能够确定这源于 row_spec() 全部在 kable 生产中，但在删除 row_spec() 调用后，我遇到了 error: Functions that produce HTML output found in document targeting latex output. 错误。

奇怪的是，这只发生在我项目的特定分支上，而不是主分支。但是，切换回主分支并没有解决问题。重新启动 R 确实如此。更复杂的问题是，如果我在主分支中启动 R，然后切换到开发分支，但没有自动重新获取所有内容，则不会出现错误。这表明错误出在开发分支的新脚本中。

所以我调用了sessionInfo()，通过主分支和开发分支加载 R，发现在我的一个较新的脚本中，我有一个额外的 library(kableExtra)，它在所有其他包被加载之后被加载带进来（包括一个kableExtra 电话已经）。出于某种奇怪的原因，这个额外的kableExtra 调用还引入了virisdisLite 和webshot，这两个包最初没有出现在最初的kableExtra 调用中。

删除多余的library(kableExtra) 后，问题就解决了，另外两个包virisdisLite 和webshot 不再被调用，render() 到pdf 也不再有任何问题。