从 R 中的多个 Fisher 测试中提取所有结果答案

【问题标题】：Extracting all results from multiple Fisher test in R从 R 中的多个 Fisher 测试中提取所有结果
【发布时间】：2014-11-20 15:29:40
【问题描述】：

我正在对数据框中的 1000 行执行 Fisher 测试，它工作正常，但我的脚本只提取 p 值，我还想提取优势比和置信区间。

这是我的小脚本：

apply(mydata,1, function(x) fisher.test(matrix(x,nr=2))$p.value,$odds.ratio)

以下是一次对一行执行时的结果：

> fisher.test(try,  workspace=2e9)

    Fisher's Exact Test for Count Data

data:  try
p-value = 0.4144
alternative hypothesis: true odds ratio is not equal to 1
95 percent confidence interval:
  0.04686857 11.67245884
sample estimates:
odds ratio 
   1.92144

所以我的目标是改进我的一行代码以提取优势比和置信区间，你们知道怎么做吗？

【问题讨论】：

标签： r

【解决方案1】：

试试

res <- t(apply(mydata,1, function(x) {x1 <-fisher.test(matrix(x, nr=2))
                        c(x1$p.value, x1$conf.int, x1$estimate)}))

数据

set.seed(24)
mydata <- as.data.frame(matrix(sample(1:100, 20*4, replace=TRUE), nrow=20))

【讨论】：

【解决方案2】：

apply(mydata,1, function(x) fisher.test(matrix(x,nr=2))[1:3])

子集 1 是 p 值，子集 2 是置信区间，子集 3 是优势比

如果你想要 p 值和优势比，你可以使用

apply(mydata,1, function(x) fisher.test(matrix(x,nr=2))[c(1,3)])

【讨论】：

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