R - 使用 Glob 模式从多个目录中提取文本文件答案

【问题标题】：R - Use Glob Pattern to Extract text files from multiple directoriesR - 使用 Glob 模式从多个目录中提取文本文件
【发布时间】：2021-05-11 13:09:40
【问题描述】：

我正在尝试找出一种使用fs:dir_ls 和vroom 从多个目录中提取文本文件的方法。

目录结构本质上是M:/instrument/project/experiment/measurements/time_stamp/raw_data/files*.txt。

理想情况下，我希望能够定义到实验级别的路径，然后让模式处理其余部分，例如 -

fs::dir_ls(path="M:/instrument/project/", glob = "experiment_*/2021-04-11*/raw_data/files*.txt", invert = TRUE, recurse = TRUE),

因此，我一口气读取了多个实验目录中的所有 .txt 文件，但是，当我尝试这种方法时，它会返回项目级别的所有文件，而不是模式描述的特定文件夹中的文件。

我查看了关于此处涵盖的主题的其他 SO 问题：Pattern matching using a wildcard、R list files with multiple conditions、list.files pattern argument in R, extended regular expression use 和 grep using a character vector with multiple patterns，但无法将它们应用于我的特定问题。

感谢任何帮助，我意识到答案可能正盯着我看，我只是需要帮助才能看到它。

谢谢

【问题讨论】：

如果你想要来自raw_data 文件夹的文件，你可以试试吗？ list.files('M:/instrument/project/experiment/measurements/time_stamp/raw_data/', pattern = 'files.*\\.txt')
谢谢，但是，当我尝试这个时，它返回一个空字符。
您要选择的文件的完整路径是什么？
其中一个文件的完整路径是M:/Operetta/LED_Wound/operetta_export/plate_variability[540]/robot_seed_wide_plate_1[1614]/2021-05-10T113438+0100[1764]/SC_data/arpe19_10x_hoescht_h2dcfda_ints_morpho_SC[47280].result.A1[46991].Population - vaid_nuclei[0].txt
这是我要阅读的 arpe19[...].txt 文件。

标签： r glob fs ls

【解决方案1】：

您可以使用list.files 尝试以下操作：

files <- list.files('M:/Operetta/LED_Wound/operetta_export/plate_variability[540]/robot_seed_wide_plate_1[1614]/2021-05-10T113438+0100[1764]/SC_data', pattern = 'arpe19*\\.txt')

【讨论】：

感谢您的回复，这种方法有效，但仅在理想情况下我希望从多个目录（即robot_plate_1-3）读取文件时才在一个目录中搜索文件。这样，我不必为每批文件重新定义从plate_variability[540] 开始的路径，包括时间戳。所以我需要一个 glob/regex 模式来捕获前面的目录，比如~/robot_seed_wide_plate_*`/2021-05-//*/SC_Data/arpe19//*.txt。
@DrBalticYaldie 添加recursive = TRUE 即files <- list.files(..., pattern = ..., recursive = TRUE)