无法填充我的 R for 循环答案

【问题标题】：Cannot fill my R for loop无法填充我的 R for 循环
【发布时间】：2017-11-24 19:07:12
【问题描述】：

所以我正在使用如下矩阵处理 R：

diff_0
             SubPop0-1,   SubPop1-1,   SubPop2-1,    SubPop3-1,  SubPop4-1,
SubPop0-1,           NA           NA           NA            NA          NA
SubPop1-1,  0.003403100           NA           NA            NA          NA
SubPop2-1,  0.005481177 -0.002070277           NA            NA          NA
SubPop3-1,  0.002216444  0.005946314  0.001770977            NA          NA
SubPop4-1,  0.010344845  0.007151529  0.004237316 -0.0021275130          NA

...但更大;-)。

这是每个 SubPop 之间从 0 到 4 的成对遗传差异矩阵。我想获得每个 subPop 的平均差异值。

例如，对于 SubPop-0，平均值仅对应于第 1 列中 4 个值的平均值。但是对于 SubPop-2，这将是第 3 行中的 2 个值和第 2 行中的值的平均值第 3 列，因为这是一个半矩阵。

考虑到这一点，我想编写一个 for 循环来计算每个 SubPop 的每个平均值。我尝试了以下方法：

Mean <- for (r in 1:nrow(diff_0)) {
    mean(apply(cbind(diff_0[r,], diff_0[,r]), 1, sum, na.rm=T))
 }

首先，这隔离了索引 [r] 的每一行和每一列，其值引用相同的 SubPop r。 “sum”可以收集这些值并消除“NA”。最后我得到了我的 SubPop r 的平均值。我希望我的 for 循环能给我每个索引 r 的值，这将是一个 SubPop。

然而，尽管我的mean(apply(cbind(diff_0[r,], diff_0[,r]), 1, sum, na.rm=T))，如果单独运行一个介于 1 和 5 之间的固定 r 值，确实给了我想要的；那么'for循环'本身只返回一个空向量。

for (r in 1:nrow(diff_0)) { print(diff_0[r,1]) } 之类的东西也可以，所以我不明白发生了什么。

这是一个微不足道的问题，但我在互联网上找不到答案！虽然我知道我可能错过了明显的:-)...

非常感谢，干杯!

【问题讨论】：

标签： r for-loop matrix apply

【解决方案1】：

好的，根据您想要做的事情（如果我理解正确的话），有几种方法可以做到这一点。我现在想到的就是把你的下三角矩阵变成一个“整个矩阵”（即用下三角的转置填充上三角），然后按行或按列表示我的 R 现在正在其他东西上运行，所以我无法检查我的代码，但这应该可以工作

diff = diff_0
diff[upper.tri(diff)] = t(diff_0[lower.tri(diff)]) #This step might need some work

正如我所说，我的 R 现在正在运行，所以我无法检查最后一行的正确性 - 我可能会对那里的一些转置感到困惑，所以我很感激任何关于它是否真的有效的反馈。
然后，您可以将对角线值设置为 0，或者将 na.rm = TRUE 添加到均值语句中

mean_diffs = apply(diff,2,FUN = function(x)mean(x, na.rm = TRUE))

应该可以的

另外：是的，您的代码不起作用，因为赋值不在 for 循环中。这应该有效：

means = rep(NA, nrow(diff_0)
for (r in 1:length(means)){
    means[r] = mean(apply(cbind(diff_0[r,], diff_0[,r]), 1, sum, na.rm=T))

但一般来说 for 循环并不是你想要在 R 中做的事情

【讨论】：

非常感谢:-) 我不知道upper/lower.tri，这确实很有用！ diff_0[lower.tri(diff)] 返回一个数字向量，所以转置与实际的半矩阵不完全匹配，但我只需要在这上面多花点时间！还要感谢您对我的 for 循环的反馈！没错，最好尽可能多地分解，知道我知道这个upper.tri函数我可能会尝试用另一种方式让它工作！
（顺便说一下，您更正的循环代码确实可以正常工作，再次感谢！！）
@Chrys 是的，它应该返回一个数字向量。如果然后将此向量分配给具有正确维度的矩阵（即上三角矩阵），它将按列填充此矩阵。如果我的回答有帮助，请随时将其标记为正确答案（我的答案旁边的绿色勾号）
这是对的，唯一的问题是由于上面的矩阵是逐列填充的，我们失去了矩阵的对称性。肯定有一种方法可以逐行填充它！不幸的是，今晚我将无法继续寻找，但这无论如何真的很有帮助，一旦我找到一种方法来改变填充上部矩阵的方式，我就会马上回来（除非有人在我之前找到，这很有可能;-)）再次感谢大家！
... 好吧，这很容易！正好相反：diff <- t(diff_0) diff[lower.tri(diff)] <- diff_0[lower.tri(diff_0)] 以便填充下部矩阵而不是上部矩阵。

【解决方案2】：

这可能是一个解决方案...

for(i in 1:nrow(diff_0)) {

    k<-mean(cbind(as.numeric(diff_0[,i]),as.numeric(diff_0[i,])),na.rm=T)
    if(i==1) {

    data_mean <- k
    }else{
    data_mean <- rbind(data_mean,k)
    }
}

colnames(data_mean) <-  "mean"
rownames(data_mean) <- c("SubPop0","SubPop1","SubPop2","SubPop3","SubPop4")

data_mean

               mean
SubPop0 0.005361391
SubPop1 0.003607666
SubPop2 0.002354798
SubPop3 0.001951555
SubPop4 0.004901544

【讨论】：

非常感谢梅丁！这是另一种有趣的方式！