在 for 循环中通过系统运行代码时不执行命令

Question

这是我第一次创建包含两个变量的 for 循环。我有一堆想要检查的 DNA 测序样本。每组数据有两个文件需要同时运行。

当我在没有 for 循环变量的情况下在 R 中运行 system(paste()) 时，它工作得很好。所以我知道问题出在循环本身。当我运行下面的脚本时，我没有收到错误，它运行但没有任何反应。

我显然搞砸了。我只是不知道从这里去哪里。

for (j in list.files(pattern = "R1_001.trim.paired.fastq.gz")) {
  for (h in list.files(pattern = "R2_001.trim.paired.fastq.gz")) {
    outname=paste(substr(j, start=1, stop=7), sep= "")
    system(paste("docker run -v /path/:/path/ -w /path/ combinelab/salmon salmon quant -i /path/CanFam3.1_index -l A -1 ",j,"-2 ",h,"-o ",outname, ,sep="")
    )
  }
}

Answer 1

在您提供的代码中，我唯一能立即看到的是一些缺失的空格，这可能会导致观察到的行为。您也可以使用paste0 代替paste(...,sep="")，希望以下内容有所帮助：

for (j in list.files(pattern = "R1_001.trim.paired.fastq.gz")) {
  for (h in list.files(pattern = "R2_001.trim.paired.fastq.gz")) {
    outname=substr(j, start=1, stop=7)
    system(paste0("docker run -v /path/:/path/ -w /path/ combinelab/salmon salmon quant -i /path/CanFam3.1_index -l A -1 ",j," -2 ",h," -o ",outname))
  }
}

编辑

在 for 循环之外通过 list.files 命令获取 character(0) 表明您没有将 wd 中的任何文件与您的模式匹配。

如果您确定文件在正确的wd 中，或者您直接在list.files 命令中设置wd（list.files(path = ".", pattern = NULL)，您可以尝试结合 cmets 中提到的 Sonny 和 Parfait上面运行你的for循环用print替换system并删除list.files命令中的pattern规范。这将告诉你是否发送了正确的docker字符串（尽管可能还会有打印出不正确的文件，您可以稍后通过更新模式进行过滤）。