关于 Biostrings 的错误信息答案

【问题标题】：Error message about Biostrings关于 Biostrings 的错误信息
【发布时间】：2012-02-29 08:30:56
【问题描述】：

我正在使用一个代码，在某些时候我有类似的东西

anna <- DNAStringSet()
for (chr in c(paste('chr',seq(1,22),sep=''),'chrX','chrY')){
.
.
.
anna.view<-DNAStringSet(Views(unmasked(Hsapiens[[chr]])
.
anna<-append(anna,anna.view)
}
gc()
}
anna

library(rGADEM)
gadem <- GADEM(anna, genome = Hsapiens)

Warning message:
Using XStringViews() on a character vector is deprecated.
Please use instead something like:
  as(DNAStringSet(x)), "Views")
if you really want views, otherwise just:
  DNAStringSet(x)

那条消息是什么意思？我是否必须更改代码中的任何内容，还是可以安全地继续？

【问题讨论】：

了解警告的来源会很有帮助，例如，在警告发生之前设置options(warn=2)，然后设置traceback()，最后设置options(warn=0) 以重置默认警告行为。同时在bioconductor 邮件列表中提问将从软件负责人那里得到准确的答复；如果这是警告的来源，请务必抄送packageDescription('rGADEM')$Maintainer。

标签： r for-loop

【解决方案1】：

关于XStringViews 是deprecated 的警告警告您可以使用此功能，尽管不鼓励这样做，因为存在更好的替代方案（警告中建议了替代方案）。但是，您仍然可以使用该功能。

我认为生成警告的代码来自包中的函数。但如果没有可重复的例子，这很难说。如果警告是从包中生成的，请升级到最新版本以查看是否可以解决问题（尽管包看起来并没有得到积极维护）。或者，您可以向软件包维护者发送邮件并告知此问题。

归根结底，您仍然可以在研究中使用该软件包，警告涉及纯软件技术问题。但是没有保证该代码将在新版本的 R 或 Bioconductor 中运行，因为不推荐使用的代码有时会被删除。

【讨论】：