R PDF Graphics Device 损坏的 PDF答案

【问题标题】：Damaged PDF from R PDF Graphics DeviceR PDF Graphics Device 损坏的 PDF
【发布时间】：2020-06-23 13:49:12
【问题描述】：

我有一个列表 (eulerr.list)，其中包含可以使用 eulerr 绘制欧拉图的数据框。我想为列表中的每个数据框绘制并保存欧拉图。为此我写了如下代码：

for (j in 1: length(eulerr.list)) {
        
        pdf(file=paste0("output/","triple_","eulerr_",names(eulerr.list[j]),".pdf"))
        plot(eulerr.list[[j]],
             fills = c("red", "forestgreen", "mediumorchid"),
             quantities = TRUE,
             alpha = 0.5,
             labels = c("A", 
                        "B", 
                        names(eulerr.list[j])),
             adjust_labels = TRUE)
        dev.off()
        
}

当我运行循环（RStudio 版本 1.3.959）时，我得到了我期望的文件，但所有文件都已损坏（无法在我的 Mac (OSX 10.12.6) 上通过预览打开）。循环完成后，没有错误消息，Rstudio 返回一个空提示。当我手动将值 1 分配给 j 并在循环内运行代码时：

pdf(file=paste0("output/","triple_","eulerr_",names(eulerr.list[j]),".pdf"))
        plot(eulerr.list[[j]],
             fills = c("red", "forestgreen", "mediumorchid"),
             quantities = TRUE,
             alpha = 0.5,
             labels = c("A", 
                        "B", 
                        names(eulerr.list[j])),
             adjust_labels = TRUE)
        dev.off()

然后文件被正确生成（可以在预览中查看）并且 RStudio 返回：

> dev.off()
RStudioGD 
        2

为什么for 循环会生成损坏的 PDF 文件？

【问题讨论】：

你确定不应该是names(eulerr.list)[j]？
当我尝试这样做时，我仍然遇到同样的问题
我认为您需要提供一个最小的可重现示例。
这有效：for (i in 2:3) { pdf(file=paste0(i, ".pdf")); plot(mtcars[[i]], main=names(mtcars)[i]); dev.off(); }，所以它一定与您的数据有关。是否使用了任何非基础包？（我推断 eulerr，请明确说明您使用的任何/所有关于SO的问题。）您是否尝试使用width=/height=扩展pdf的尺寸?也许这是一个情节大小的事情。
@r2evans 我看到了。我可以检查plot 方法，但是（a）我不想安装该软件包，并且（b）没有可重现的示例，我无法确定实际调用了哪个方法。

标签： r pdf eulerr

【解决方案1】：

这里发生的是plot.euler() 返回一个"eulergram" 对象。然后要在当前设备上实际绘制此图，必须调用print.eulergram()（或plot.eulergram()）方法，但这并不是因为调用在for循环内。当您以交互方式调用plot() 时，返回的对象实际上隐式调用了它的print() 方法。这与人们使用 ggplot 或 lattice 时遇到的问题完全相同。

您需要做的是从plot() 保存对象并在其上调用print()（或plot()），如下所示：

for (j in 1: length(eulerr.list)) {  
  pdf(file=paste0("output/","triple_","eulerr_",names(eulerr.list[j]),".pdf"))
  p <- plot(eulerr.list[[j]],
            fills = c("red", "forestgreen", "mediumorchid"),
            quantities = TRUE,
            alpha = 0.5,
            labels = c("A", 
                       "B", 
                       names(eulerr.list[j])),
            adjust_labels = TRUE)
  print(p)
  dev.off()
}

【讨论】：