在基准测试期间多次在 R 中运行函数答案

【问题标题】：Running functions in R multiple times during benchmarking在基准测试期间多次在 R 中运行函数
【发布时间】：2011-08-02 21:38:54
【问题描述】：

我正在尝试使用system.time() 测量 R 中函数的计算时间。我想运行该函数几百次以获得平均值，但我不想复制和粘贴多次。有没有更简单的方法来做到这一点？

【问题讨论】：

标签： function r benchmarking

【解决方案1】：

微基准测试包采用,times= 选项，并具有更准确的额外好处。

> library(microbenchmark)
> m <- microbenchmark( seq(10)^2, (1:10)^2, times=10000)
> m
Unit: nanoseconds
       expr   min    lq median    uq     max
1  (1:10)^2  2567  3423   3423  4278   41918
2 seq(10)^2 44484 46195  46195 47051 1804147
> plot(m)

并为 ggplot2 使用尚未发布的 autoplot() 方法：

autoplot(m)

【讨论】：

我喜欢用require(lattice); bwplot(expr~time, m, auto.key=TRUE, xlim=quantile(v$time,c(0,0.95))) 或require(latticeExtra); ecdfplot(~time, groups=expr, m, auto.key=TRUE, xlim=quantile(v$time,c(0,0.95))) 将它绘制成格子。
@Marek 我同意默认情节看起来很糟糕......当我前几天在一个实际示例中使用它时，我使用了ggplot 并做了四分位数：stackoverflow.com/questions/1296646/…
请注意，上面使用的autoplot.microbenchmark 现在可以在taRifx 1.0.3 中使用，在接下来的几个小时内应该可以在 CRAN 上使用。

【解决方案2】：

system.time(replicate (  ... stuff ..) )

或者：（嘿，我并不羞于得到与德克相同的答案。）

require(rbenchmark)
benchmark( stuff... )   # Nice for comparative work

【讨论】：

【解决方案3】：

您想使用rbenchmark 包及其函数benchmark()，它几乎可以为您完成所有工作。

这是其帮助页面中的第一个示例：

R> example(benchmark)

bnchmrR> # example 1
bnchmrR> # benchmark the allocation of one 10^6-element numeric vector, 
bnchmrR> # replicated 100 times
bnchmrR> benchmark(1:10^6)
    test replications elapsed relative user.self sys.self user.child sys.child
1 1:10^6          100   0.327        1      0.33        0          0         0

对于真正的表达式级基准测试，还有microbenchmark 包。

【讨论】：