R中两个大向量之间的最快距离计算

Question

我希望在 R 中以最快的方式计算一个向量中每个元素与另一个向量中每个元素之间的距离。一个小例子是：

distf<-function(a,b) abs(a-b)
x<-c(1,2,3)
y<-c(1,1,1)
result<-outer(x,y, distf)

问题是我的 x 和 y 现在的长度分别为 30,000，并且 R 在尝试执行此计算时崩溃。这只是做一次，但我必须在模拟研究中重复这个过程 1000 次。有没有更快的功能可以实现这一点？

我最终需要确定哪些距离小于固定数字/卡尺。我最终会研究很多这样的固定卡尺，因此，我需要保存所有这些距离，尤其是在计算要求如此之高的情况下。 R 包 optmatch 中名为 caliper 的函数直接执行此过程，但也无法处理如此大的计算。

Answer 1

这是一个Rcpp 版本，它返回一个由 1 和 0 组成的整数矩阵，具体取决于每对宽比较是否

fast_cal.cpp

#include <Rcpp.h>

using namespace Rcpp;

// [[Rcpp::export]]
NumericMatrix fast_cal(NumericVector x, NumericVector y, double threshold) {
  const long nr=x.length();
  const long nc=y.length();
  NumericMatrix output(nr, nc);
  for (long i=0; i<nr; i++) {
    for (long j=0; j<nc; j++) {
      output(i, j) = (fabs(x(i) - y(j)) <= threshold) ? 1 : 0;
    }
  }
  return output;
}

测试

library("Rcpp")
sourceCpp("fast_cal.cpp")
x <- rnorm(30000)
y <- rnorm(30000)
out <- fast_cal(x, y, 0.5)