绘制具有不同点样式的矩阵答案

【问题标题】：Plotting a matrix with different point styles绘制具有不同点样式的矩阵
【发布时间】：2014-10-07 22:53:32
【问题描述】：

我有一个 n x n 对称矩阵，其值等于 -1、0 或 1。我使用 image() 和 levelplot() 绘制了矩阵，为 -1 和 1 提供了不同的颜色（0 表示没有值，因此没有颜色或白色）。

但是，我无法更改这两个函数中的任何一个的点样式（使用 pch），也无法更改热图和其他选项。

我试图用不同的颜色和不同的点样式（圆形，比如说三角形）来表示 -1 和 1。类似于此处显示的内容：http://www.ploscompbiol.org/article/fetchObject.action?uri=info:doi/10.1371/journal.pcbi.1002004.g007&representation=PNG_M

感谢您的帮助。

【问题讨论】：

请包含一些示例代码，最好使用reproducible example 的数据。
数据与rnso描述的一样，只是数据是对称矩阵的形式。然后我使用了 lattice 包中的 levelplot()，不同的颜色代表 -1、1，白色代表零。

标签： r matrix plot

【解决方案1】：

试试：

xx = matrix(sample(-1:1, 16, replace=T), nrow=4)
xx
     [,1] [,2] [,3] [,4]
[1,]    0    1    0    1
[2,]    1   -1    1    1
[3,]    1    1   -1    0
[4,]    0    1    1   -1

dd = data.frame(xx)
dd$id = rownames(dd)
ggplot(melt(dd))+geom_point(aes(x=variable, y=id, color=value, shape=value))

用 0 省略点：

mm = melt(dd)
mm$value[mm$value==0] = NA
ggplot(mm)+geom_point(aes(x=variable, y=id, color=factor(value), shape=factor(value)),size=5)

【讨论】：

感谢您的回复。但是，您的示例不保留原始数据（矩阵）的顺序。我能够垂直翻转原始矩阵（使用apply(xx, 2, rev)），然后使用示例代码。
我专注于“用不同的颜色和不同的点样式表示 -1 和 1”，这是您的主要问题。