具有 150 个变量的相关矩阵，如何在 R 中将其可视化？答案

【问题标题】：Correlation matrix with 150 variables, how to visualize it in R?具有 150 个变量的相关矩阵，如何在 R 中将其可视化？
【发布时间】：2020-06-06 12:18:39
【问题描述】：

我有一个包含 150 个变量的数据集，我想以某种方式显示一个相关矩阵。我尝试了 corrplot 和许多其他在线建议的方法，但我无法获得体面的输出。你有什么建议吗？

【问题讨论】：

标签： r matrix correlation

【解决方案1】：

也许是这样的？您可以使用 cluster_rows =FALSE 等关闭集群，您可能需要尝试让标签可见：

library(pheatmap)
dat = matrix(rnorm(10*150),ncol=150)
colnames(dat) = paste0("Var",1:ncol(dat))
COR = cor(dat)
pheatmap(COR,fontsize=4)

我们可以尝试使用数据（基因表达）golub 或者您可以从具有某种结构的library(multtest) 调用它（因为基因在表达中通常是相关的）。我还提取了 150 个与表型最相关的基因：

load("golub.RData")
topvar = order(abs(cor(t(golub),golub.cl)),decreasing=TRUE)[1:150]
dat = t(golub[topvar,])
colnames(dat) = paste0("Var",1:ncol(dat))
COR = cor(dat)
pheatmap(COR,fontsize=4)

这有点极端，但总的来说，如果有结构你会从这个可视化中看到它。

【讨论】：

这比普通的ggplot2::geom_tile 更好，这是我采用的方法（因此赞成），但无论哪种方式，除非变量对它们有某种模式，150 的整个概念x 150 相关图似乎有点缺陷
是的..好点。感谢您的反馈。我正在使用示例数据集，但发现它的信息太多。我现在已将其包含在答案中
这太棒了！谢谢