GWAS sommer r2 分数答案

【问题标题】：GWAS sommer r2 scoresGWAS sommer r2 分数
【发布时间】：2021-03-23 13:37:56
【问题描述】：

我正在尝试使用 r 包“sommer”中的 GWAS 函数获取 GWAS 中每个标记的 r2 值。从文档中我看到它们应该在对象 mix1$scores 中：分数一个数据框，其列数与分析的标记一样多，5 行包含以下内容：beta：标记效果。score：特征的标记分数 (-log_10p)。Fstat：与测试相关的 F 统计量。R2：每个标记的 R2 值。 R2s：每个标记的 R2 值缩放

但是，在我的模型中，只列出了标记分数。

例子：

 library(sommer)
    data(DT_cpdata)
    DT <- DT_cpdata
    MP <- MP_cpdata
     #### create the variance-covariance matrix 
    A <- A.mat(GT) # additive relationship matrix# 
    #### look at the data and fit the model
    head(DT)
    mix1 <- GWAS(color~1,
                 random=~vs(id,Gu=A)
                + Rowf + Colf,
                 rcov=~units,
                data=DT,
                 M=GT, gTerm = "u:id") 
    mix1$scores

【问题讨论】：

标签： r gwas

【解决方案1】：

GWAS 函数被重构为使用从 4.1.2 开始的 C++ 代码，并且从输出中删除了一些额外的指标，如 r2。这些额外的指标将在 4.1.3 中恢复。同时，您始终可以返回到 4.1.1 或更早的版本来获取该指标。

干杯，爱德华多

【讨论】：