R - 将二部边缘列表转换为单部邻接矩阵答案

【问题标题】：R - Convert a bipartite edgelist to a unipartite adjacency matrixR - 将二部边缘列表转换为单部邻接矩阵
【发布时间】：2018-02-16 22:24:26
【问题描述】：

我有一个二分边列表，我想将其转换为仅包含“来自”节点的单分图。由于大小，我需要在稀疏矩阵中执行此操作。不幸的是，这意味着更简单的解决方案（例如使用bipartite.projection(graph)）会冻结所有内容。我的数据如下：

To          From     Weight
A1          B2       1
A1          B3       1
A2          B2       1
A3          B3       1
A3          B4       1
A4          B2       1
A4          B3       1

使用 Matrix 包，我创建了一个具有正确尺寸的稀疏矩阵，但由于某种原因，只填充了对角线。对于我使用的稀疏矩阵：

myMat <- sparseMatrix(as.integer(as.factor(df$from), 
                      as.integer(as.factor(df$from),
                      x = df$weight,
                      dimnames = list(levels(as.factor(df$from)),
                                      levels(as.factor(df$from))
                                     ) 
                      )

   B2  B3  B4
B2  2  .   .
B3  .  2   .
B4  .  .   1

对角线对权重求和，但矩阵的其余部分是空的，我期望它也填充了总和权重。

我想要的是：

   B2  B3  B4
B2  .  2   .
B3  2  .   1
B4  .  1   .

因为这是二分图一侧的矩阵，matrix[i,j] 表示连接任意两个 df$from 值的 df$to 值的计数。这将是我赋予任何网络图中边的权重。

【问题讨论】：

标签： r matrix sparse-matrix social-networking

【解决方案1】：

返回稀疏的as_adjacency_matrix 怎么样？

library(igraph)
df <- read.table(textConnection("
To          From     Weight
A1          B2       1
A1          B3       1
A2          B2       1
A3          B3       1
A3          B4       1"), header=T, stringsAsFactors=F)

g <- graph.data.frame(df[,1:2])
V(g)$type <- V(g)$name %in% df[,1]

is.bipartite(g)
as_adjacency_matrix(g)

【讨论】：

这几乎可以工作，但它返回二分图的稀疏矩阵，我想将图简化为“来自”节点。

【解决方案2】：

我最终使用了一些矩阵代数而不是定义的函数来获得我的结果。通过更改 sparseMatrix 调用一点点，然后乘以转置，我得到了我正在寻找的矩阵

myMat <- sparseMatrix(as.integer(as.factor(df$from), 
                  as.integer(as.factor(df$to),
                  x = 1,
                  dimnames = list(levels(as.factor(df$from)),
                                  levels(as.factor(df$to))
                                 ) 
                  )

finalMat <- myMat %*% t(myMat)

【讨论】：