R - 如何仅打印包含字符串匹配的字段

Question

使用以下命令：kable(head(table), format = "markdown")

我生成了以下table：

|V1             |V2                    |V3                   |V4                  |V5                   |V6                    |V7                   |V8                    |V9            |V10              |
|:--------------|:---------------------|:--------------------|:-------------------|:--------------------|:---------------------|:--------------------|:---------------------|:-------------|:----------------|
|LdBPK_271870.1 |plasma membrane: 0.52 |Golgi apparatus: 0.2 |ER: 0.09            |extracellular: 0.08  |mitochondrial: 0.07   |cytoplasmic: 0.02    |lysosomal: 0.01       |nuclear: 0.01 |peroxisomal: 0.0 |
|LdBPK_220004.1 |nuclear: 0.56         |cytoplasmic: 0.42    |mitochondrial: 0.01 |peroxisomal: 0.0     |Golgi apparatus: 0.0  |plasma membrane: 0.0 |extracellular: 0.0    |ER: 0.0       |lysosomal: 0.0   |
|LdBPK_020440.1 |cytoplasmic: 0.54     |nuclear: 0.45        |mitochondrial: 0.0  |Golgi apparatus: 0.0 |peroxisomal: 0.0      |plasma membrane: 0.0 |extracellular: 0.0    |ER: 0.0       |lysosomal: 0.0   |
|LdBPK_313080.1 |nuclear: 0.6          |cytoplasmic: 0.29    |mitochondrial: 0.06 |peroxisomal: 0.02    |Golgi apparatus: 0.01 |extracellular: 0.01  |plasma membrane: 0.01 |ER: 0.0       |lysosomal: 0.0   |
|LdBPK_201720.1 |cytoplasmic: 0.89     |nuclear: 0.06        |mitochondrial: 0.02 |peroxisomal: 0.01    |Golgi apparatus: 0.01 |extracellular: 0.0   |plasma membrane: 0.0  |ER: 0.0       |lysosomal: 0.0   |
|LdBPK_070130.1 |cytoplasmic: 0.61     |nuclear: 0.32        |peroxisomal: 0.05   |mitochondrial: 0.02  |Golgi apparatus: 0.0  |plasma membrane: 0.0 |extracellular: 0.0    |ER: 0.0       |lysosomal: 0.0   |

在我的table 中，我想遍历每一行并且：

1. 打印列 V1
2. 循环遍历每一行并仅打印与我之后的字符串匹配的字段

例如，假设我在字符串“nuclear”之后，代码将执行以下操作。

1. 在第一行，打印 V1 列下的字段 (LdBPK_271870.1)，然后
2. 从列 V2 到 V10 扫描并仅打印与字符串“nuclear”匹配的整个字段（即包括字符串“nuclear”之后的值）。
3. 对我表的所有行重复此操作。

在这种情况下，考虑到我的table，代码将在第一行打印 V1 和 V9 下的字段。在第二行，代码会打印出 V1 和 V2 下的字段。在第三个它将打印我，V1 和 V3 下的字段。直到它到达我桌子的尽头。然后输出将是一个包含两列的表：第一列与 V1 相同，第二列仅包含字符串“nuclear”和每行后面的值。

我无法使用方括号对我的数据进行子集化，因为我要查找的字符串可以位于 V2 到 V10 的任何列下。

Answer 1

这可能不是最快的方法（因为它每次迭代都会重新创建一个向量），但您可以尝试这样的方法。这将为每一行打印出第一列 (V1) 以及包含所需字符串的列。如果一列没有您想要的字符串，它不会打印出 V1 值（但您没有指出这是一个问题）。如果您事先知道所需的字符串只会出现在一列中，您可以通过将“相关”向量初始化为长度 1 然后输入列值来加快此循环。

for(row in 1:nrow(table)) {
    relevant = c()
    for(col in 1:ncol(table)) {
        if(grepl("your_string", table[row, col])) {
            relevant <- c(relevant, col)
        }

    }
    if(length(relevant) > 0) {
        print(paste(table[row, 1], table[row, relevant]))
    }
}