在 for 循环中组合列表答案

【问题标题】：Combine lists in forloop在 for 循环中组合列表
【发布时间】：2018-03-08 13:36:36
【问题描述】：

我有一个chromosomes <- c(1:2, "X", "Y") 染色体列表，我将对其进行迭代，以便为每个chromosome 生成随机数据n 次。

我首先通过迭代chromosomes 并使用generateData() 生成数据，然后将它们添加到一个列表中，然后我使用bp_data <- as.data.frame(do.call(rbind, simByChrom)) 在循环外将其组合成一个数据框：

chromosomes <- c(1:2, "X", "Y")
simByChrom <- list()

for (c in chromosomes){
  n <- sample(1:5,1)
  cat(paste("Simulating", n, "breakpoints on chromosome", c), "\n")
  bp_data <- generateData(c, n)
  simByChrom[[c]] <- bp_data
}

bp_data <- as.data.frame(do.call(rbind, simByChrom))
rownames(bp_data) <- NULL

# generate dummy data
generateData <- function(c, n){
  df <- data.frame(chrom = rep(c, n),
                    pos= sample(1:10000, n))
  return(df)
}

  chrom  pos
1     1 7545
2     2 5798
3     2 3863
4     3 4036
5     3 9347
6     3 4749

我想对这个进行多次迭代，并将迭代次数记录在bp_data$iteration，以生成如下所示的数据框：

chrom  pos  iteration
     1 7215 1
     1 4606 1
     2 8282 1
     2 3501 1
     2 4350 1
     2 6044 1
     X 2467 1
     Y 2816 1
     Y 8848 1
     Y 2304 1
     Y 4235 1
     1 3760 2
     1 8205 2
     1 4735 2
     2 3061 2
     X   56 2
     X 1722 2
     X 2430 2
     X 6749 2
     X 2081 2
     Y 9646 2

但是，我不确定如何执行此操作。我试过了：

iterations <- 2
for (i in (1:iterations)){
  cat("Running iteration", i, "\n")
  simByChrom <- list()

  for (c in chromosomes){
    n <- sample(1:5,1)
    cat(paste("Simulating", n, "breakpoints on chromosome", c), "\n")
    bp_data <- generateData(c, n)
    bp_data$iteration <- i
    simByChrom[[c]] <- bp_data

    # or 
    # simByChrom[[c]][[i]] <- bp_data

    # or 
    # simByChrom[[c]] <- bp_data
    # simByChrom[[c]]$iteration <- i
  }

  bp_data <- as.data.frame(do.call(rbind, simByChrom))
  rownames(bp_data) <- NULL

}

但这会导致只记录最后一次迭代。

谁能建议我如何达到我想要的结果？

【问题讨论】：

标签： r loops lapply

【解决方案1】：

您在结果中只看到最后一次迭代的原因是因为 bp_data 每次都通过 for 循环被覆盖。您需要确保分别保存每个迭代结果，然后在最后将它们组合在一起。我相信只需对您已有的内容进行一些小的调整即可：

iterations <- 2

#create empty list to store each iteration result
bp_data <- list()

#run each iteration
for (i in 1:iterations){
  cat("Running iteration", i, "\n")
  simByChrom <- list()

  for (c in chromosomes){
    n <- sample(1:5,1)
    cat(paste("Simulating", n, "breakpoints on chromosome", c), "\n")
    aa <- generateData(c, n)
    aa$iteration <- i
    simByChrom[[c]] <- aa
  }

  result <- as.data.frame(do.call(rbind, simByChrom))
  rownames(result) <- NULL
  bp_data[[i]] <- result
}

#combine each iteration into one data frame
final <- as.data.frame(do.call(rbind, bp_data))

【讨论】：