使用 ggplot 在多个文件中绘制数据答案

【问题标题】：Plot data in multiple files using ggplot使用 ggplot 在多个文件中绘制数据
【发布时间】：2016-07-31 10:46:49
【问题描述】：

我有一个时间序列数据文件，其中包含 4 种代谢物 A、B、AE 和 E 随时间变化的浓度。我有很多这种类型的数据文件（大约 100 个）。我想在一张图中绘制所有文件中所有四种代谢物的时间序列。每种代谢物都被分配了一种特定的颜色。

我编译了下面的代码，但是它只在一个文件（最后一个文件）中绘制数据。我认为这是因为当我调用 ggplot() 时，它会创建一个新的情节。我尝试在四个循环之外创建情节，但没有奏效。

p = NULL

for(i in 1:length(filesToProcess)){
  fileName = filesToProcess[i]

  fileContent = read.csv(fileName)
  #fileContent$Time <- NULL

    p <- ggplot()+ 
    geom_line(data = fileContent, aes(x = Time, y = A, color = "A"), size =0.8) +
    geom_line(data = fileContent, aes(x = Time, y = B, color = "B"), size =0.8)  +
    geom_line(data = fileContent, aes(x = Time, y = AE, color = "AE"), size =0.8)  +
    geom_line(data = fileContent, aes(x = Time, y = E, color = "E"), size =0.8)  +
    xlab('Time') +
    ylab('Metabolite Concentration')+
    ggtitle('Step Scan') +
    labs(color="Metabolites")

}
plot(p)

下图是

可以找到示例文件 here

【问题讨论】：

标签： r ggplot2

【解决方案1】：

我通常采用以下方法（未经测试，因为缺乏可重复的示例）

read_one <- function(f, ...){
  w <- read.csv(f, ...)
  m <- reshape2::melt(w, id = c("Time"))
  m$source <- tools::file_path_sans_ext(f) # keep track of filename
  m
}

plot_one <- function(d){
  ggplot(d, aes(x=Time, y=value)) + 
    geom_line(aes(colour=variable), size = 0.8) +
    ggtitle('Step Scan') +
    labs(x = 'Time', y = 'Metabolite Concentration', color="Metabolites")
}

## strategy 1 (multiple independent plots)

ml <- lapply(filesToProcess, read_one)
pl <- lapply(ml, plot_one)

gridExtra::grid.arrange(grobs = pl)

## strategy 2: facetting

m <- plyr::ldply(filesToProcess, read_one)
ggplot(m, aes(x=Time, y=value)) + 
  facet_wrap(~source) +
  geom_line(aes(colour=variable), size = 0.8) +
  ggtitle('Step Scan') +
  labs(x = 'Time', y = 'Metabolite Concentration', color="Metabolites")

【讨论】：

感谢您的回答。我正试图围绕你的解决方案。对我来说看起来有点复杂。我还包含了一些示例文件。

【解决方案2】：

~~由于plot(p) 在循环之外，它只会绘制最后生成的图形。在循环内移动plot(p)。~~

注意：虽然这个问题有点模棱两可，但我假设您希望每个输入文件都有一个图表。

编辑：将所有数据放在一个图中，假设所有文件都具有相同的列顺序。

all_data <- lapply(filesToProcess, read.csv)
fileContent <- do.call(rbind, all_data)

然后你可以像上面一样运行 ggplot 代码（没有循环）。

【讨论】：

@Marchand 我需要一张图表来记录所有文件中的数据。
@Marchand 谢谢你的建议。是的，所有文件都以相同的顺序（时间、A、A|E、B、E）具有相同的列。如果我尝试了你的方法，但情节看起来不像它应该是什么样子。我还包含了一些示例文件。

【解决方案3】：

我想我解决了这个问题。我承认这个答案有点粗糙。但是，如果我可以在 for 循环之外初始化“p”变量，它就可以解决问题。

filesToProcess = readLines("FilesToProcess.txt")

#initializing the variable with ggplot() object
p <- ggplot()

for(i in 1:length(filesToProcess)){
  fileName = filesToProcess[i]
  fileContent = read.csv(fileName)

  p <- p + 
  geom_line(data = fileContent, aes(x = Time, y = A, color = "A"), size =0.8) +
  geom_line(data = fileContent, aes(x = Time, y = B, color = "B"), size =0.8)  +
  geom_line(data = fileContent, aes(x = Time, y = AE, color = "AE"), size =0.8)  +
  geom_line(data = fileContent, aes(x = Time, y = E, color = "E"), size =0.8)

}

p <- p + theme_bw() + scale_x_continuous(breaks=1:20) + 
  xlab('Time') +
  ylab('Metabolite Concentration')+
  ggtitle('Step Scan') +
  labs(color="Legend text")
plot(p)

【讨论】：