如何将 phytools 表形图保存为图像？答案

【问题标题】：How do I save a phytools phenogram as an image?如何将 phytools 表形图保存为图像？
【发布时间】：2021-11-05 16:07:23
【问题描述】：

我正在使用 R 包 phytools 中的 phenogram() 函数沿相对时间 (x) 和表型轴绘制系统发育图，在本例中为年平均温度 (y)。它显示在绘图窗口中，但它似乎不作为绘图对象存在，我可以使用 ggsave 在外部将其保存为图像。

这是主要的代码和情节。如有必要，我可以提供一个最小可重现的示例，但它的代码很多，所以我希望这可能是一个非常容易和明显的解决方法。

phenogram(tree_sub, bio01, colors = cols, fsize = 0.8, ftype = "i",
          xlab = ("Relative Time"), ylab = "Mean Annual Temperature (°C)",
          spread.labels = TRUE, spread.cost = c(1, 0))

ggsave(filename = "../output/APCT_phenogram_5Nov2021.png", plot = last_plot(), 
       width = 25, height = 16, units = "cm", dpi = 300)

使用plot = last_plot() 会保存我之前使用 ggtree 绘制的非表型树。将我的表形图分配给一个名为“tree_plot”的对象，然后在 ggsave 中调用它会产生错误：

Error: $ operator is invalid for atomic vectors

这似乎是因为当我将表象分配给一个对象时，它只保存了树中每个物种的 x 和 y 坐标（即不是树拓扑、分支长度、轴标签、颜色等）同样，使用png() 也不起作用——它只会生成一个点图，其中的 x 和 y 坐标在 tree_plot 中列出。

tree_plot <- phenogram(tree_sub, bio01, colors = cols, fsize = 0.8, ftype = "i",
             xlab = ("Relative Time"), ylab = "Mean Annual Temperature (°C)",
             spread.labels = TRUE, spread.cost = c(1, 0))

png(filename = "../output/APCT_phenogram_5Nov2021.png",  width = 25, 
    height = 16, units = "cm", res = 300)

plot(tree_plot)

dev.off()

有谁知道 R 在显示图表时理解我的表象图是什么类型的对象（如下所示），以及我如何保存它，而不是物理单击 RStudio 中的导出菜单？

this is what the plot that I'm trying to save looks like

【问题讨论】：

标签： r ggplot2 phylogeny ggsave

【解决方案1】：

如果有人遇到这个问题，我是在 phytools 的创建者 Revell 博士的帮助下想出来的。事实证明，我几乎只在 ggplot2 中工作过，我真的不知道如何正确使用 png()！

应该是这样的：

png(filename = "../output/APCT_phenogram_5Nov2021.png",  width = 25, 
    height = 16, units = "cm", res = 300)

phenogram(tree_sub, bio01, colors = cols, fsize = 0.8, ftype = "i",
          xlab = ("Relative Time"), ylab = "Mean Annual Temperature (°C)",
          spread.labels = TRUE, spread.cost = c(1, 0))

dev.off()

所以制作一个空的 PNG，输入有关它的所有信息，然后绘制您要绘制的任何内容，然后关闭图形设备。

【讨论】：