将 R 循环的输出写入文件答案

【问题标题】：Write output of R loop to file将 R 循环的输出写入文件
【发布时间】：2012-07-02 11:37:33
【问题描述】：

目前我的 R 循环（见下文）在每次迭代期间都会覆盖自身。我想将每个循环的结果输出到一个文本文件中。

更详细： R初学者在这里想知道如何在我的脚本中包含一行，以便将每个文件的平均值计算写入文本文件。这样脚本会创建一个新的空文本文件，然后每次脚本计算文件中第 4 列的平均值时，该值都会输出到文本文件中的一行，该行包含第 1 列中的文件名和第 1 列中的平均值第 2 栏。感谢您的帮助！

filename <- system("ls /dir/",intern=TRUE)

for(i in 1:length(filename)){

file <- read.table(filename[i],header=FALSE) ## if you have headers in your files ##
mean <- mean(as.numeric(file$V4))



}

【问题讨论】：

标签： r loops

【解决方案1】：

要在循环运行时执行此操作，请在循环中添加：

write.csv(data.frame(fname=filename[i],mean=mean),file="output.csv",append=TRUE)

但是，这将意味着大量的文件系统开销，并且在 R 中生成整个数据帧然后将文件作为一个整体写入会更快。所以代替你的循环写：

means <- sapply(filename, function(x) mean(as.numeric(read.table(x,header=FALSE)$V4)))

然后将文件作为一个整体写入：

write.csv(data.frame(fname=filename,mean=means),file="output.csv")

【讨论】：

谢谢我试试这些，在将它添加到我的循环的低效解决方案中，它提出了 1：在 write.csv(data.frame(fname = filename[i], mean = mean), ...：尝试设置“附加”被忽略
其他解决方案非常好，谢谢，你说得对！

【解决方案2】：

以下脚本将首先创建仅包含列名的文件，然后附加每个结果。

filename <- system("ls /dir/",intern=TRUE)

column_names <- data.frame(filename = "filename", mean = "mean")
write.table(column_names, file = "output.csv", row.names = FALSE, 
            append = FALSE, col.names = FALSE, sep = ", ", quote = TRUE)

for(i in 1:length(filename)){
  file <- read.table(filename[i],header=FALSE)
  newline <- data.frame(t(c(filename[i], mean(as.numeric(file$V4)))))
  write.table(newline, file = "output.csv", row.names = FALSE, 
              append = TRUE, col.names = FALSE, sep = ", ")
}

虽然在每个步骤中写入文件效率不是很高，您可能会考虑只在最后进行：

filename <- system("ls /dir/",intern=TRUE)

results <- data.frame(filename = "filename", mean = "mean")

for(i in 1:length(filename)){
  file <- read.table(filename[i],header=FALSE)
  newline <- data.frame(t(c(filename = filename[i], mean = mean(as.numeric(file$V4)))))
  results <- rbind(results, newline)
}
write.table(results, file = "output.csv", row.names = FALSE, 
            append = FALSE, col.names = TRUE, sep = ", ")

【讨论】：