如何平均三列中的一行答案

【问题标题】：How to average a row over three columns如何平均三列中的一行
【发布时间】：2014-08-05 04:54:14
【问题描述】：

我确定这很简单，但我是 R 新手（比如 30 分钟新）并且仍然摸不着头脑。

我有五列。我想按 a 和 b 列的组合（a 是染色体，b 是基因座）对数据进行排序，然后对 sample1、sample2 和 sample3 列的值进行平均以提供文本输出。

到目前为止，我有以下几点，但我认为我的均值计算让我失望了

#Import the data as a data frame
df = read.table("mydata.txt")

#Make sure its there
summary(df)

#Make sure data is sorted by chromosome and by locus.

df = df[order(df[[1]], df[[2]]), ]
#Take the control samples and average each row for three columns excluding the first two     columns- add the per row means to the data frame

dfmns <- rowMeans( df[ , c("sample1", "sample2", "sample3")] )

样本数据如下：

chr leftPos strand  JWA JWB JWC JWD OE33_F
chr1    100202137   +   2   0   1   0   0
chr1    100260304   -   141 62  75  55  20
chr1    100724039   -   0   1   0   0   0

我愿意

chr      leftPos    strand  JWA JWB JWC JWD OE33_F   Means
chr1    100202137   +          2    0   1   0   0     0.6
chr1    100260304   -        141    62  75  55  20    70.6
chr1    100724039   -          0    1   0   0   0     0.2

我认为代码在 order 函数中失败，因为我可能没有正确引用列？

【问题讨论】：

是什么让您认为计算错误？我们没有输入数据，因此我们不知道这些代码正在重新调整什么或您期望什么。
为了从我们那里获得更好的帮助（正如@MrFlick 开始说的那样），请阅读有关制作reproducible example 的内容，包括为我们提供一个有代表性的数据集和输出，表明您想要什么以及您是什么得到。
chr leftPos strand JWA JWB JWC JWD OE33_F chr1 100202137 + 2 0 1 0 0 chr1 100260304 - 141 62 75 55 20 chr1 100724039 - 0 1 0 0 0
前 3 个样本是 JWA JWB JWC 是吗？如何从 c(2,0,1) 中得到 2 的平均值？
@user3632206。您发布的示例和代码不同。目前尚不清楚哪些列是“sample1:sample3”。我尝试使用列的组合，但无法获得“平均值”输出。

标签： r

【解决方案1】：

您可能还使用了一些character 列来计算rowMeans。在您的示例中，如果您想删除字符列/未选择的列（这里它们位于位置 1、2 和 3）

df$Means <- rowMeans(df[,-(1:3)]) #1:3 refers to the columns `chr` to `strand`
 df
#   chr   leftPos strand JWA JWB JWC JWD OE33_F Means
#1 chr1 100202137      +   2   0   1   0      0   0.6
#2 chr1 100260304      - 141  62  75  55     20  70.6
#3 chr1 100724039      -   0   1   0   0      0   0.2

如果您只有有限数量的列来执行平均值：

rowMeans(df[,c("JWA", "JWB", "JWC","JWD", "OE33_F")])
#[1]  0.6 70.6  0.2

或者

rowMeans(df[grep("^JW|^OE", colnames(df))])
#[1]  0.6 70.6  0.2

【讨论】：

优秀。正是我想要的。谢谢
如果我想指定对哪些列执行均值呢？
@user3632206。您希望在实际数据集中对多少列执行均值？
好吧，我想我明白了，我只是指定了我想在上面运行平均值的列索引，例如获取第 4 列和第 5 列的平均值，它将是 df$Means
rowMeans(df[,c(4,6)])