R比较特征以创建距离矩阵

Question

我有一个 R 问题。我有一个算法可以做到这一点，但想知道是否有更简洁的方法来执行以下操作：

假设你有以下矩阵：

        [,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
[A,]    0    0    0    0    1
[B,]    0    0    0    1    1
[C,]    0    0    1    1    1
[D,]    0    0    1    1    0
[E,]    1    0    0    0    0
[F,]    1    1    1    0    0

现在我想创建一个每行与另一行的差异矩阵（即距离矩阵），类似于（虽然我将它填满了一半，但它只是获取顶部的镜像）：

       [,A] [,B] [,C] [,D] [,E] [,F]
[A,]    0     
[B,]    1    0     
[C,]    2    1    0     
[D,]    3    2    1    0    
[E,]    2    3    4    3    0
[F,]    4    5    4    3    2    0

我的方法是使用循环将每一行的列与下面的相应行列进行比较，但对于大型矩阵，它效率不高。关于如何更好地做到这一点的任何想法？

谢谢

Answer 1

正如评论中所说，使用dist 和manhattan 方法：

dt <- read.table(text='     [,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
[A,]    0    0    0    0    1
[B,]    0    0    0    1    1
[C,]    0    0    1    1    1
[D,]    0    0    1    1    0
[E,]    1    0    0    0    0
[F,]    1    1    1    0    0')

mm <- as.matrix(dt)
dist(mm,method='manhattan' ,diag=TRUE)

      [A,] [B,] [C,] [D,] [E,] [F,]
[A,]    0                         
[B,]    1    0                    
[C,]    2    1    0               
[D,]    3    2    1    0          
[E,]    2    3    4    3    0     
[F,]    4    5    4    3    2    0