将参考点和线添加到 geom_line() 图

Question

我有一个像`dat1:

这样的数据框

dat1 <- data.frame(idx = 1:200,
                   fit = rnorm(200,10,0.5))
cis <- data.frame(uci=dat1$fit+0.5,
                  lci = dat1$fit-0.5)
dat1 <- cbind(dat1,cis)

我还有 3 个其他对象存储了 dat1 的“兴趣点”（或 poi1:3）。

poi1 <- c(30,59,120,150)
poi2 <- c(10,42,110,165,190)
poi3 <- c(50, 100)

我使用以下代码为dat1 制作了带有置信带的线图：

p<-
ggplot(dat1, aes(x=idx, y=fit))+
  geom_line()+
  geom_ribbon(aes(ymin = lci, ymax = uci), alpha = 0.3)+
  labs(x="Distance", y="Var1")
p

我想突出显示这条线上的“兴趣点”。我想突出显示poi1 红色的点、poi2 蓝色的点和poi3 绿色的点。我可以使用geom_vline() 使它们全部垂直：

p+
  geom_vline(xintercept =poi1, color="red")+
  geom_vline(xintercept = poi2, color = "blue")+
  geom_vline(xintercept = poi3, color = "green")

但我实际上希望 poi1 和 poi2 的点是蓝色和红色点（而不是线，并将 poi3 留下垂直绿线），或者更“短”的版本由geom_vline（黑线上方和下方）完成。我无法让geom_point() 行为正确并执行此操作。我是否需要以不同的方式对其进行格式化，或者我该如何完成？ 另外，我接下来如何在顶角添加一个图例，表示哪条线/点和颜色表示哪一组poi？例如，如果它们是点（加上绿线），它将有一个红点并说“poi1”，在单词“poi2”旁边有一个蓝点，在作品“poi3”旁边有一条小绿线

Answer 1

添加彩色点最直接的方法可能是分别调用geom_point 并提供poi1、poi2 和poi3 作为子集绘图的方法。

所以，代码看起来像这样：

p +
  geom_point(data=dat1[which(dat1$idx %in% poi1),], color='red', size=3) +
  geom_point(data=dat1[which(dat1$idx %in% poi2),], color='blue', size=3) +
  geom_point(data=dat1[which(dat1$idx %in% poi3),], color='green', size=3)

这里的一个问题是没有提及这些颜色应该是什么（如...传说）。如果您想添加它，您可以将 color= 放在 aes(...) 中，以便创建一个图例键，并在其中分配 键项的名称（例如aes(color="name of item 1"))。然后，您需要调用 scale_color_manual(...) 来专门设置颜色...或者您可以不使用 scale_color_manual 对象，而是将其留给 ggplot 来确定配色方案。

在图例中手动分配颜色：

p + 
  geom_point(data=dat1[which(dat1$idx %in% poi1),], aes(color='poi1'), size=3) +
  geom_point(data=dat1[which(dat1$idx %in% poi2),], aes(color='poi2'), size=3) +
  geom_point(data=dat1[which(dat1$idx %in% poi3),], aes(color='poi3'), size=3) +
  scale_color_manual(values=list('poi1'='red','poi2'='blue','poi3'='green'))

无需手动分配颜色。 ggplot 只使用主题的默认调色板。

p + 
  geom_point(data=dat1[which(dat1$idx %in% poi1),], aes(color='poi1'), size=3) +
  geom_point(data=dat1[which(dat1$idx %in% poi2),], aes(color='poi2'), size=3) +
  geom_point(data=dat1[which(dat1$idx %in% poi3),], aes(color='poi3'), size=3)

添加一条垂直线并在图例中显示

与此解决方案评论中的后续问题相关：您将如何为 xintercept=poi3 添加一条垂直线并将其显示在图例中？

您可以将单独的调用添加到geom_vline，并为xintercept= 使用单独的值，但如果您有很多，这只是一种不好的做法。更好的做法是调用一个geom_vline，将data= 设置为poi3。 ggplot 想要接收data= 的数据帧，所以在下面的代码中你会看到我通过as.data.frame(... 强制转换。强制数据框生成一个包含 2 个观察值的数据框，其中一列称为“poi3”，因此我们将其指定为 xintercept= 美学。这行得通...但你会发现它不太正确：

p +
  geom_point(data=dat1[which(dat1$idx %in% poi1),], aes(color='poi1'), size=3) +
  geom_point(data=dat1[which(dat1$idx %in% poi2),], aes(color='poi2'), size=3) +
  geom_vline(data=as.data.frame(poi3), aes(xintercept=poi3, color='poi3'),
    linetype=2, size=1) +
  scale_color_manual(values=list('poi1'='red','poi2'='blue','poi3'='green2'))

绿线被添加到图例中，但它在所有点的“后面”添加为线 + 点。我们想要的是一个单独的图例。 ggplot2 尝试在可能的情况下合并图例。我们要做的是一种欺骗，即强制ggplot2 为linetype 创建另一个图例，并在geom_vline 调用中将color='green2' 设置在aes() 之外。这将从为“颜色”创建的图例中删除线的颜色，并为“线型”添加另一个图例，仅显示我们的线。最后的解决方法是通过scale_manual_linetype 设置linetype 的值。由于这里只有一个键，因此您只需要一个值。

p +
geom_point(data=dat1[which(dat1$idx %in% poi1),], aes(color='poi1'), size=3) +
geom_point(data=dat1[which(dat1$idx %in% poi2),], aes(color='poi2'), size=3) +
geom_vline(
    data=as.data.frame(poi3), aes(xintercept=poi3, linetype='poi3'),
    color='green2', size=1) +
scale_color_manual(values=list('poi1'='red','poi2'='blue')) +
scale_linetype_manual(values=2)