为什么 RMarkdown 不显示代码输出？答案

【问题标题】：Why is RMarkdown not displaying code output?为什么 RMarkdown 不显示代码输出？
【发布时间】：2020-08-28 20:24:02
【问题描述】：

我在 Windows 10 上使用 RStudio。当我编写 markdown 文件时，请帮助我将 R System 函数的输出包含在我的输出文档中。我尝试了许多在official reference 中找到的块选项组合。

在控制台中，输出：

system('java -version')

是：

java版本“1.8.0_261”
Java(TM) SE 运行时环境（内部版本 1.8.0_261-b12）
Java HotSpot(TM) 64 位服务器 VM（内部版本 25.261-b12，混合模式）

但是，当我将它放入 RMardown 文档时：

---
title: "Code Chunk Not Displaying Output"
output: html_document
---

```{r test}
system('java -version')
```

不幸的是，该块的格式化输出不是显示我的 java 版本，而是：

## [1] 0

【问题讨论】：

来自?system，"intern: 一个逻辑（非NA），指示是否将命令的输出捕获为R字符向量"。试试system("java -version", intern=TRUE)。（您看到的是退出代码，其中“0”通常表示“未遇到错误”。）
可能与此有关？ stackoverflow.com/questions/36928322/…
试试system2("java", "--version", stdout=TRUE, stderr=TRUE)
r2evans 有效！想要做出官方的回答吗？请注意，它应该是 -version 而不是 --version
还有一件事，stdout 参数不是必需的，这有效：system2("java", "-version", stderr=TRUE)

标签： r r-markdown

【解决方案1】：

在前面，使用：

system2("java", "-version", stderr = TRUE)

（如果您想确保调用了 any 命令，而不仅仅是java，那么（1）假设它接受-version，并且（2）还添加stdout = TRUE。如果没有stdout可以捕获，那么它不会造成伤害。）

为什么？

这是关于文件描述符 (fd) 的（快速）讨论。当程序运行时，它可能会接受文件描述符 0 上的数据（或其他内容），这通常称为 标准输入 或 stdin。它可以在任意数量的文件描述符上发出（发送文本/值/数据），但通常大多数程序至少使用 fd1（标准输出，stdout）并且经常但不总是使用 fd2（标准错误，stderr)。原因是命令行实用程序可以在stdout 上捕获预期输出，并在stderr 上捕获错误/警告。用shell说话：

#                         /-- this is redirecting stdout
#                         |            /-- this is redirecting stderr
#                         v            v
$ somecommand -arg1 -arg2 > output.log 2> error.log

将预期（正常）输出发送到文件output.log，并将任何非标准（或带外或警告或调试或...）发送到error.log。在许多情况下，一个空的error.log 是一件好事并且是“预期的”。

在我最初的测试期间，由于我没有 java，我使用的是ls --version，而/bin/ls 将其版本信息发送到stdout。显然，java 使用了stderr。

（我最终通过切换到应该使用stderr 的命令进行验证：没有java 的最简单的重现方法是：

---
title: "Code Chunk Not Displaying Output"
output: html_document
---

```{r test}
system("ls --versiommmmm", intern = TRUE)
```

其中 (1) 没有预期的 ls: unknown option -- versiommmmm 输出，并且 (2) 返回了 ## [1] 2，表示退出状态为 2。（大多数实用程序使用退出状态 0 表示“一切正常”，以及其他任何错误。一些实用程序甚至会针对特定错误发出特定的退出状态，但通常可以安全地假设“不是0 表示某些错误条件”。）

为了让 R 进行系统调用并捕获标准错误，我切换到system2，它允许捕获stderr=（以及单独的stdout=）。

注意事项：

system2 将要运行的命令作为其第一个参数，然后将所有后续参数作为字符向量，例如：
```
system2("java", c("Echo", "Drink Hot Java"))
```
会用两个参数调用java，"Echo" 和字符串。（实际上，这不太对……请看下一条。）
system 和 system2 在引用事物方面做得很差。如果您的任何参数都嵌入了空格，例如上一个项目符号中的调用，那么该命令实际上将看起来像是单独的参数。所以上一个子弹的命令实际上是用四个参数调用java，相当于c("Echo", "Drink", "Hot", "Java")。（我和许多人都认为这是 system2 的一个重大问题。解决方法包括自己使用 shQuote 或使用 processx 包，它可以正确。）
不同的参数，其中system(..., intern=TRUE) 的等价物是system2(..., stdout=TRUE) ...并且您可以使用stderr=。

【讨论】：