在 Shiny 应用程序中，使用外部 R 脚本生成传递给 R Markdown 渲染的变量答案

【问题标题】：Inside Shiny app, use external R script to generate variables passed to an R Markdown rendering在 Shiny 应用程序中，使用外部 R 脚本生成传递给 R Markdown 渲染的变量
【发布时间】：2020-06-24 16:40:49
【问题描述】：

我对这个可复制的 Shiny 小应用程序感到疯狂：

基本上3步：

我有一个input$text，用户可以选择
用户触发 R 文件 create_text.R 转换此文本，创建 my_text 字符串。（IRL 基本上是一个下载和数据准备步骤）
用户触发 R Markdown 渲染，其中打印了 my_text 值

我的基本代码如下：

app.R

library(shiny)

ui <- fluidPage(
  selectInput(inputId = "text",
              label = "Choose a text",
              choices = c("Hello World!", "Good-bye World!")),
  actionButton("create_text", "Prepare text"),
  downloadButton("report", "Render markdown"))
)

server <- function(input, output) {
  
  observeEvent(input$create_text, {
    text_intermediate <- input$text
    source('create_text.R')
    })
  
  output$report <- downloadHandler(
    filename = "report_test.html",
    content = function(file) {
      rmarkdown::render(input = "report_test.Rmd",
                        output_file = file)
      })

  }

shinyApp(ui, server)

create_text.R

my_text <- paste("transfomation //", text_intermediate)

report_test.Rmd

---
title: "My title"
output: html_document
---

```{r}
my_text
```

我的问题是中间步骤（2.），可能是因为我对环境感到困惑。

如果我运行 source('create_text.R', local = FALSE)，它会失败，因为 R 文件是从空环境中运行的，然后无法识别 text_intermediate。

# Warning: Error in paste: object 'text_intermediate' not found

相反，如果我运行source('create_text.R', local = TRUE)，则创建的my_text 字符串不会“保存”到下一个闪亮的应用程序中，那么由于my_text is not found，因此无法呈现Rmd。

# Warning: Error in eval: object 'my_text' not found

我尝试过的：

两个丑陋的解决方案是：

不要使用中间 R 文件并将整个代码包含在应用程序中，但这会使其非常不可读
甚至更丑，只在R文件中使用硬赋值<--，比如my_text <<- paste("transfomation //", text_intermediate)

使用render() 函数的env 参数也无济于事。

最后，从头开始我会在任何地方都使用响应式值，但是我的 R 和 Rmd 文件都非常大并且“已完成”，并且很难调整代码。

有什么帮助吗？

【问题讨论】：

试试source('create_text.R', local = TRUE)，它将使用当前（调用）环境而不是全局环境。
另外，参数化降价可能是您实际用例所需要的。看看this...
也可以将create_text.R文件中的语句写成函数，然后在server中使用该函数。
@Limey 是的，没有提到它作为可能的选项，但我宁愿避免它，因为我的脚本中定义了许多变量。
@phago29 确实是个好主意，你会如何使用它？如果我用create_text <- function() {my_text <- paste("transfomation //", text_intermediate) } 定义它然后调用create_text()，由于“简单”分配（<-），它不会在环境中加载my_text（<-）

标签： r shiny r-markdown

【解决方案1】：

好的，最后我用这个不优雅的解决方案绕过了这个问题：

我在运行外部 R 脚本后添加了一段代码，它将所有创建的对象存储到全局环境中。这样，这些对象稍后可以在 server 函数中调用。这允许在没有eventReactive() 的情况下使用。不是很愉快，但很有效。

为此，我在lapply 中使用assign。在我的例子中，它相当于写：my_text <<- my_text。 lapply 允许对所有对象执行此操作。

observeEvent(input$create_text, {
  text_intermediate <- input$text
  source('create_text.R')
  lapply(X = (ls()), FUN = function(object) {assign(object, get(object), envir = globalenv())})
})

【讨论】：