在 r 中指定颜色和标签轴的散点图

Question

我有以下数据和情节：

pos <- rep(1:2000, 20)
xv =c(rep(1:20, each = 2000))
# colrs <- unique(xv)
colrs <- xv # edits 
yv =rnorm(2000*20, 0.5, 0.1)

xv   = lapply(unique(xv), function(x) pos[xv==x])
to.add = cumsum(sapply(xv, max) + 1000)

bp <- c(xv[[1]], unlist(lapply(2:length(xv), function(x) xv[[x]] + to.add[x-1])))
plot (bp,yv, pch = "*", col = colrs)

我在这个情节中有几个我无法弄清楚的问题。

(1) 我想为不同的组使用不同的颜色或为不同的组使用两种不同的颜色（即 xv），但是当我尝试颜色函数时，它是美丽的混合。虽然我需要强调一些点（例如 bp 4000 到 4500 例如蓝色）

(2) 我想在组中添加一个刻度标记和标签，而不是 bp 位置。

谢谢，感谢您的帮助。

编辑：在以下答案的帮助下（如果我在每个组中的数字不平衡，我会采用稍微不同的方法）我可以得到类似的情节。但是关于颜色的问题仍然存在，如果我想在备用组中使用两种备用颜色怎么办？

Answer 1

您可以通过重复颜色索引来解决您的颜色问题，但是每组都绘制了一个点，如下所示：

plot (bp,yv, pch = "*", col = rep(colrs,each=2000))

默认调色板（请参阅 ?palette 或 palette() ）将自行环绕，您可能需要指定自己的调色板以获得 20 种不同的颜色。

要重新标记 x 轴，请尝试不使用轴进行绘图，然后手动指定点和标签。

plot (bp,yv, pch = "*", col = rep(colrs,each=2000),xaxt="n")
axis(1,at=seq(1000,58000,3000),labels=1:20)

如果您要在其中压缩大量标签，则可能需要缩小文本 (cex.axis) 或将标签旋转 90 度 (las=2)。

plot (bp,yv, pch = "*", col = rep(colrs,each=2000),xaxt="n")
axis(1,at=seq(1000,58000,3000),labels=1:20,cex.axis=0.7,las=2)

结果：

Answer 2

一种方法是您可以使用嵌套的ifelse。
我仍在学习R，但可以做到的一种方法看起来像：

plot(whatev$x, whatev$y, col=ifelse(xv<2000,red,ifelse(2000<xv & xv<4000,yellow,blue)))  

您可以嵌套任意数量的这些，以使颜色和间隔具有特异性。 ifelse 命令的格式为 ifelse(TEST, True, False)。

更简单的方法是使用 xv 中的唯一组来分配彩虹色。

colrs=rainbow(length(unique(xv)))  #Or colrs=rainbow(length(xv)) if xv is unique.
plot(whatev$x, whatev$y, col=colrs)

我希望我做对了。我自己还在学习 R。

Answer 3

我会冒昧地猜测您的真实数据是来自 20 个不同组的事物的 2000 个值。例如，20 种不同物种的 2000 株植物的高度。在这种情况下，您可能需要查看lattice 包中的dotplot() 函数（或如下图所示的dotplot.table()）。

生成假设值矩阵：

set.seed(1)

myY <- sapply( seq_len(20), function(x) rnorm(2000, x^(1/3)))

转置矩阵以将组作为行

myY <- t(myY)

向矩阵提供组的名称：

dimnames(myY)[[1]]<-paste("group", seq_len(nrow(myY)))

加载lattice包

library(lattice)

生成点图

dotplot(myY, horizontal = FALSE, panel = function(x, y, horizontal, ...) {
  panel.dotplot(x = x, y = y, horizontal = horizontal, jitter.x = TRUE,
    col = seq_len(20)[x], pch = "*", cex = 1.5)
  }, scales = list(x = list(rot = 90))
)

看起来像（带有不幸的 y 轴标签）：

Answer 4

看到@JohnCLK 正在请求通过x 轴上的值着色的方式，我在ggplot2 中尝试了这些演示——每个都使用一个虚拟变量，该变量根据要在其他变量。

所以，先设置数据，如题：

pos <- rep(1:2000, 20)
xv <- c(rep(1:20, each = 2000))
yv <- (2000*20, 0.5, 0.1)
xv <- lapply(unique(xv), function(x) pos[xv==x])
to.add <- cumsum(sapply(xv, max) + 1000)
bp <- c(xv[[1]], unlist(lapply(2:length(xv), function(x) xv[[x]] + to.add[x-1])))

然后加载ggplot2，准备几个实用函数，并设置默认主题：

library("ggplot2")

make.png <- function(p, fName) {
    png(fName, width=640, height=480, units="px")
    print(p)
    dev.off()
}

make.plot <- function(df) {
    p <- ggplot(df, 
                aes(x = bp,
                    y = yv, 
                    colour = highlight))
    p <- p + geom_point()
    p <- p + opts(legend.position = "none")
    return(p)
}

theme_set( theme_bw() )

绘制一个图，突出显示垂直轴上定义范围内的值：

# highlight a horizontal band
df <- data.frame(cbind(bp, yv))
df$highlight <- 0
df$highlight[ df$yv >= 0.4 & df$yv < 0.45 ] <- 1
p <- make.plot(df)
print(p)
make.png(p, "demo_horizontal.png")

接下来绘制一个图，突出显示x 轴上定义范围内的值，垂直带：

# highlight a vertical band
df$highlight <- 0
df$highlight[ df$bp >= 38000 & df$bp < 42000 ] <- 1
p <- make.plot(df)
print(p)
make.png(p, "demo_vertical.png")

最后通过x 值绘制一个突出显示交替垂直带的图：

# highlight alternating bands
library("gtools")
alt.band.width <- 2000
df$highlight <- as.integer(df$bp / alt.band.width)
df$highlight <- ifelse(odd(df$highlight), 1, 0)
p <- make.plot(df)
print(p)
make.png(p, "demo_alternating.png")

希望这会有所帮助；无论如何，这是个好习惯。