在 metafor 中为漏斗图点创建标签答案

【问题标题】：Create labels for funnel plot points in metafor在 metafor 中为漏斗图点创建标签
【发布时间】：2014-04-23 14:03:07
【问题描述】：

查看 metafor 页面上的funnel plot examples - 似乎有一种方法可以为漏斗图添加标签。 funnel plot page 提供了更多详细信息，但没有列出添加标签的示例。

提供的例子：

library(metafor)
png(filename="contour_enhanced_funnel_plot.png",
    res=92, width=680, height=600, type="cairo")
par(mar=c(5,4,1,2))
data(dat.bcg)
res <- rma(ai=tpos, bi=tneg, ci=cpos, di=cneg, data=dat.bcg, measure="RR",
           slab=paste(author, year, sep=", "), method="REML")
funnel(res, level=c(90, 95, 99), shade=c("white", "gray", "darkgray"), refline=0)
dev.off()

包括一个标签字段，但在示例中没有生成。如何在漏斗图中添加标签？

查看here，似乎使用 pch 可能是一种替代方法。大致如下：

pch=paste(StudyName, StudyMeasure, sep=", ")

但这只会产生一个字母点。 .

【问题讨论】：

标签： r plot labels

【解决方案1】：

在浏览 rma() 和 funnel.rma() 的来源（来自 metafor 的 1.9-2 版）时，我找不到将标签放入漏斗图中的任何具体规定。然而，为了绘制您自己的标签，这些位置原则上似乎可以从rma-object 重现，因此可以在这些数字的基础上进行构建，而无需重新计算所有内容。这种方法当然至少取决于 yaxis 参数的选择值，但默认情况下 sqrt(vi) ~ yi 似乎有效：

# ...
funnel(res, level=c(90, 95, 99), shade=c("white", "gray", "darkgray"), refline=0)
text(res$yi,sqrt(res$vi)+.016,res$slab,cex=.8)

有时图形外观当然会因为重叠的标签变得不可读而变得糟糕。

或者，您可以尝试自己分配有意义的pch-值（通常应该是整数），并尝试用图例来解释这些：

alloc.factor <- factor(dat.bcg$alloc) 
stopifnot(res$k==length(alloc.factor))
funnel(res, level=c(90, 95, 99), shade=c("white", "gray", "darkgray"), refline=0,
    pch=as.numeric(alloc.factor),lwd=2,cex=1.6)
legend("topright",levels(alloc.factor),pch=1:3,pt.lwd=2,cex=1.6)

【讨论】：