在 R 中盘旋以制作圆形图

Question

我正在尝试制作一个类似于基因表达图的圆形图。 我发现 R 中的 circlize 包可以做到这一点，我试图关注这个http://cran.r-project.org/web/packages/circlize/vignettes/genomic_plot.pdf

我设法到达：6. 创建绘图区域

但是当我输入时

circos.genomicPoints(Region, value, numeric.column = c(1,2))

我得到这个错误：

Error in get.cell.meta.data("sector.index") : 
Length of `sector.index` should only be 1.

当我输入时

circos.genomicLines(Region, value, numeric.column = c(1, 2))

我收到此错误：

Error in region[[1]] + region[[2]] : 
  non-numeric argument to binary operator

Region 是一个包含 205 个观测值和 7 个变量的数据框：染色体、起始位置、结束位置，然后是一些值 value 是一个包含 205 个观测值和 2 个变量的数据框：都是数值

我对这种情节完全陌生，因此感谢任何帮助

谢谢

Answer 1

region 在circos.genomicPoints 或circos.genomicLines 等低级函数中应该是一个只包含两列（开始位置和结束位置）的数据框。因为circos.genomicPoints等函数一次只对一条染色体起作用，所以没有必要将染色体信息放在region中。

推荐的调用circos.genomicPoints的方法是在调用circos.genomicTrackPlotRegion时放入panel.fun：

bed  # your data frame which is bed-file format
circos.initializeWithIdeogram()
circos.genomicTrackPlotRegion(bed, panel.fun = function(region, value, ...) {
    circos.genomicPoints(region, value, ...)
})

在上面的示例代码中，panel.fun 是一个自定义函数，将在每个染色体中执行。 region 和panel.fun 中的value 是从bed 中提取的“当前染色体”中的对应数据帧。

如果你想通过在circos.genomicTrackPlotRegion 之外调用circos.genomicPoints 来微调你的情节，你需要构造你的region 和value 变量并且不要忘记设置sector.index 或track.index指定要放置图形的染色体和轨迹：

for(chr in chromosomes) {
    region = bed[bed[[1]] == "chr", 2:3]
    value = bed[bed[[1]] == "chr", some_column_index]
    circos.genomicPoints(region, value, sector.index = chr, ...)
}