热图和树状图中的颜色侧栏答案

【问题标题】：Color Side Bars in heat map and dendrogram热图和树状图中的颜色侧栏
【发布时间】：2015-12-30 07:04:27
【问题描述】：

我正在尝试将颜色侧栏添加到热图列。

我的案例/样本属于不同的组/类别（例如，样本是许多基因在不同细胞中表达的结果，而组是不同的物种）。

我希望颜色侧栏能够反映不同的物种。该列已按单元格类型标记。我知道我可以为不同的物种（使用 if 和 else）一一分配不同的颜色，但是拥有超过 20 个物种和超过 200 个样本是不切实际的。同样，按组对数据进行排序并将不同的颜色分配给例如样本 1 到 10、11 到 25 等...

我发现as.character(as.numeric(data[,XXX])，其中XXX 是包含我的组名的列工作正常。然而，它提供了令人震惊的颜色。任何建议如何申请，例如从彩虹色到只有几种色调吗？

来自heatmap.2 的

colCol 似乎是合适的，但是在使用时它会忽略相同的类/组并分配例如所有样本的调色板......

除此之外，我想知道在仅绘制树状图时如何做同样的事情。好像更复杂了…… 将不胜感激！

【问题讨论】：

标签： r colors heatmap dendextend

【解决方案1】：

如果我理解正确，你可以试试这样：

library(gplots)
library(dendextend)

# sample data
x  <- as.matrix(mtcars)

# determine colors & palettes
colClusters <- as.integer(nchar(names(mtcars)) == 2)+1L
rowClusters <- as.integer(factor(substr(rownames(x), 1, 1)))
colCols <- rainbow(2)
rowCols <- rainbow(10)

# create dendrograms
colDend <- x %>% t %>% dist %>% hclust %>% as.dendrogram 
rowDend <- x %>% dist %>% hclust %>% as.dendrogram 

# plot heatmap
heatmap.2(x, 
          Colv = colDend %>% color_branches(col=colCols[colClusters[order.dendrogram(colDend)]]), 
          Rowv = rowDend %>% color_branches(col=rowCols[rowClusters[order.dendrogram(rowDend)]]),
          colCol = colCols[colClusters], 
          colRow = rowCols[rowClusters])

【讨论】：

太棒了！谢谢！！！不幸的是，我意识到应用调色板颜色（例如彩虹）并不是最好的选择。我正在为组/类分配我自己的颜色。但无法弄清楚颜色应用到行的顺序。我想如果我有例如5 个因素，我将定义 colCols
除此之外，颜色分配似乎是随机的。例如。 colCols 中的第一个颜色名称未分配给数据集中的第一组，也未分配给树状图中聚类的第一组（最左侧的分支）。
我在这里很晚了，但是如果你想要颜色的线性渐变，你可以使用颜色 = [(0, 0, 0), (1, 0, 0), (0, 1, 0)] n_bins = 100000 # 将插值离散化为 bin cmap_name = 'my_list' regn = LinearSegmentedColormap.from_list(cmap_name, colors, N=n_bins)
@AndoJurai 看起来像 Python，但问题是关于 R。:)