r 将几列与另一列相加答案

【问题标题】：r sum several colmns by another columnr 将几列与另一列相加
【发布时间】：2013-09-10 15:22:19
【问题描述】：

我有一个 39 列（超过 100000 行）数据框，其最后十列看起来像这样（其余列与我的问题无关）

H3K27me3_gross_bin H3K4me3_gross_bin H3K4me1_gross_bin UtoP UtoM UPU UPP UPM UMU UMP UMM
cg00000029                  3                 3                 6    1    1   0   0   0   0   0   0
cg00000321                  6                 1                 5    1    0   0   1   0   0   0   0
cg00000363                  6                 1                 1    1    0   1   0   0   0   0   0
cg00000622                  1                 2                 1    0    0   0   0   0   0   0   0
cg00000714                  2                 5                 6    1    0   0   0   0   0   0   0
cg00000734                  2                 6                 2    0    0   0   0   0   0   0   0

我想创建一个矩阵：

a) 按前三列（H3K27me3_gross_bin、H3K4me3_gross_bin、H3K4me1_gross_bin）计算其中值列 UPU、UPP 或 UPM 为 1 的行数 b) 将 UPU、UPP、UPM 列的每一行与前三列相加

我想出了这个非常麻烦的方法：

UtoPFrac<-seq(6)
 UtoPTotEvents<-seq(6)
 for (j in 1:3){
  y<-df[,28+j]
  for (i in 1:3){
   UtoPFrac<-cbind(UtoPFrac,tapply(df[which(is.na(y)==FALSE),33+i],y[which(is.na(y)==FALSE)], function(x) length(which(x==1))))
}
}
UtoPFrac<-UtoPFrac[,2:10]
UtoPEvents<-cbind(rowSums(UtoPFrac[,1:3]),rowSums(UtoPFrac[,4:6]),rowSums(UtoPFrac[,7:9]))

我确信有一种更优雅的方法可以做到这一点，可能是通过使用 aggregate() 或 ddply()，但无法使其正常工作。我会更有效地感谢任何帮助

提前致谢

【问题讨论】：

如果你使用dput和head来发布你的data.frame会更好。看来您有 12 列和 11 个列名。
不幸的是，目前尚不清楚您希望实现什么。您能否用所需的输出更新您的问题。

标签： r dataframe aggregate

【解决方案1】：

未测试：

  library(plyr)
  dpply(df,.(H3K27me3_gross_bin, H3K4me3_gross_bin, H3K4me1_gross_bin), summarize, UPUl=length(UPU[which(UPU==1)]),UPPl=length(UPP[which(UPP==1)]),UPMl=length(UPM[which(UPM==1)]), mysum=sum( UPU + UPP + UPM))

附：如果你dput数据并提供预期的输出，我会测试上面的代码

【讨论】：