基于数据帧中另一个字符向量的向量条件替换

Question

我有一个名为“突变”的列的数据框。它们可以是像“C > A”这样的SNP，像“+TTTAAG”这样的插入或像“-CTTGA”这样的删除。例如：

**position** **mutation**
1234           C > A
1452           +TTTAAG
2734           -CTTGA

我希望 R 在突变列（“>”、“+”或“-”）中搜索特定字符，并将“SNP”、“插入”或“删除”分别写入数据帧的新列中，所以我会得到以下结果：

**position** **mutation**  **mutation_type**
1234           C > A             SNP
1452           +TTTAAG         insertion
2734           -CTTGA           deletion

我尝试做以下事情：

mutation_type <- rep(NA, length(df$position)))
df$mutation_type <- mutation_type #creating a new column with NAs

尝试：

while(grep(pattern = "-", df$mutation)){
  df$mutation_type <- "deletion"
}

只需覆盖 mutation_type 列中的每个单元格。请给我一个建议如何解决这个问题，好吗？

Answer 1

使用grep 和ifelse 的解决方案：

genotype <- data.frame(position = 1:3,
                       mutation = c("C > A", "+TGCA", "-ACGT"))
genotype$mutation_type <- 
    ifelse(grepl("\\+", genotype$mutation), "Insertion", 
           ifelse(grepl("\\-", genotype$mutation), "Deletion", "SNP"))

  position mutation mutation_type
1        1    C > A           SNP
2        2    +TGCA     Insertion
3        3    -ACGT      Deletion