运行一个函数，在每个中间步骤重命名数据帧，以获得数据帧列表

Question

我得到了使用 vegan 包在 R 中进行分析的说明（关于 DCA）。

单个数据帧的说明非常简单，但我想将分析应用于一组数据帧。

我知道这可以通过 for 循环或 lapply 或 sapply 来完成，但我无法处理这样一个事实，即分析的每个步骤都会在数据帧的名称中添加一个新的扩展名。

以下示例

假设我有一个数据框DF，那么它如下：

DF.t1 <- decostand(DF, "total")
DF.t2 <- decostand(DF.t1, "max")
DF.t2.dca <- decorana(DF.t2)
DF.t2.dca.DW <- decorana(DF.t2, iweigh=1)
names(DF.t2.dca)
summary(DF.t2.dca)
DF.t2.dca.taxonscores <- scores(DF.t2.dca, display=c("species"), choices=c(1,2))
DF.t2.dca.taxonscores <- DF.t2.dca$cproj[ ,1:2]
DF.t2.dca.samplescores <- scores(DF.t2.dca, display=c("sites"), choices=1)

我想要实现的是通过这个分析运行几个数据帧，而不是单独写出来。

假设我有一组名为“DF_1”、“DF_2”和“DF_3”的数据帧，我想对其进行分析。

我可能需要将数据帧放在一个列表中，并在 for 循环或 apply 方法之一中获取所有步骤。 但是如何解决在数据帧名称中添加扩展名（.ra、.t1、.t2、.t2.dca、.t2.dca.DW 等）的问题？

编辑：我需要保留分析后的原始数据框，以便对其进行后续分析。

Answer 1

除非您的数据帧数量非常有限，否则我不建议您定义 ca.全局环境中的每个数据帧都有 8 个新对象，因为这可能会变得非常混乱。

您可能会考虑的一种方法是创建一个嵌套列表，其中第一级是数据框，第二级是修改后的数据框。

# some example data sets
DF1 <- mtcars
DF2 <- mtcars*2
DF3 <- mtcars*3

all_dfs <- list(DF1 = DF1, DF2 = DF2, DF3 =DF3)

some_stuff <- function(df) {
  DF.t1 <- decostand(df, "total")
  DF.t2 <- decostand(DF.t1, "max")
  DF.t2.dca <- decorana(DF.t2)
  DF.t2.dca.DW <- decorana(DF.t2, iweigh=1)
  names(DF.t2.dca)
  summary(DF.t2.dca)
  DF.t2.dca.taxonscores <- scores(DF.t2.dca, display=c("species"), choices=c(1,2))
  DF.t2.dca.taxonscores <- DF.t2.dca$cproj[ ,1:2]
  DF.t2.dca.samplescores <- scores(DF.t2.dca, display=c("sites"), choices=1)
  return(list(DF.t1 = DF.t1, DF.t2 = DF.t2, 
              DF.t2.dca = DF.t2.dca,
              DF.t2.dca.DW = DF.t2.dca.DW, 
              DF.t2.dca.taxonscores = DF.t2.dca.taxonscores, 
              DF.t2.dca.taxonscores = DF.t2.dca.taxonscores
              ))
}

nested_list <- lapply(all_dfs, some_stuff)

# To obtain any of the objects for a specific data.frame you could, for example, run
nested_list$DF1$DF.t2.dca.DW