数据帧中条目的灵活规范化

Question

我正在尝试在创建图表之前操作我的原始数据数据框。我观察到“TMED7_normalized”列中的值，我想对其进行规范化。这些观察值是在“siRNA”栏中所示的不同测试条件下收集的。此外，如“印迹”栏所示，从不同来源收集观察结果。我现在想做的是，在“siCtrol”的条件下，始终通过行中的值来规范化 TMED7_normalized 的值。此外，我想为每组不同的条件执行此操作。例如。它将是：取前三个条目，将它们标准化为第四个。取条目 5-9，在 10 号之前将它们标准化。关于如何以自动化方式执行此操作的任何想法？这是我的数据框：

example_data

 Blot         siRNA           TMED7_normalized
   <chr>        <chr>                      <dbl>
 1 FK01_KW26_02 siRNF5                      2.57
 2 FK01_KW26_02 siRNF170                    2.10
 3 FK01_KW26_02 siRNF5_siRNF185             2.24
 4 FK01_KW26_02 siCtrol                     1.81
 5 FK01_KW27_01 siRNF5                      2.36
 6 FK01_KW27_01 siRNF170                    1.64
 7 FK01_KW27_01 siHrd1                      2.66
 8 FK01_KW27_01 siRNF5_siHrd1               2.09
 9 FK01_KW27_01 siRNF170_siHrd1             2.53
10 FK01_KW27_01 siCtrol                     1.13
# ... with 24 more rows

每一个想法和帮助都将不胜感激。干杯

Answer 1

我假设通过规范化，您的意思是将每个测试的 TMED7_normalized 的值除以相应的控件？

您可以使用dplyr 做到这一点。

example_data %>% 
  group_by(Blot) %>%
  mutate(TMED7_normalized = TMED7_normalized / TMED7_normalized[siRNA == "siCtrol"])
# A tibble: 10 x 3
# Groups:   Blot [2]
   Blot         siRNA           TMED7_normalized
   <chr>        <chr>                      <dbl>
 1 FK01_KW26_02 siRNF5                      1.42
 2 FK01_KW26_02 siRNF170                    1.16
 3 FK01_KW26_02 siRNF5_siRNF185             1.24
 4 FK01_KW26_02 siCtrol                     1   
 5 FK01_KW27_01 siRNF5                      2.09
 6 FK01_KW27_01 siRNF170                    1.45
 7 FK01_KW27_01 siHrd1                      2.35
 8 FK01_KW27_01 siRNF5_siHrd1               1.85
 9 FK01_KW27_01 siRNF170_siHrd1             2.24
10 FK01_KW27_01 siCtrol                     1  

如果你想做一些不同的操作来规范化，那么适当地编辑我的代码。在yougroup_by(Blot)之后，用mutate()和TMED7_normalized表示当前位置，TMED7_normalized[siRNA == "siCtrol"]表示各组的控制值。