ggsignif：如何在 x 轴刻度上定位显着性符号

Question

我想在每个组上绘制一个带有显着性水平（例如 ***）的箱线图，没有一条线。生成 p 值/显着性水平的比较将针对每个测试组相对于单个对照组。

我要制作很多不同的图表，这意味着为每个图表手动创建和定位文本框将非常耗时。因此，我希望使用 geom_signif 函数来自动计算和定位这些。

我可以创建如下内容：

ToothGrowth$dose <- as.factor(ToothGrowth$dose)
ggplot(data=ToothGrowth, aes(x=dose, y=len)) +
  geom_boxplot() +
  geom_signif(comparisons=list(c("0.5", "1"),
                               c("0.5", "2")), 
              map_signif_level=TRUE, y_position = c(40, 45))

这对于两个或三个组来说很好，但对于大量组（例如在我正在使用的数据集中）来说会变得混乱。

另一种方法：

ggplot(data=ToothGrowth, aes(x=dose, y=len)) +
  geom_boxplot() +
  geom_signif(comparisons=list(c("0.5", "1"),
                           c("0.5", "2")), 
              map_signif_level=TRUE)

这看起来很糟糕。但是，如果显着性符号可以间隔以匹配 x 轴刻度，并且最好可以删除/隐藏线，这将是理想的。

谁能演示如何做到这一点？

Answer 1

可能是“ggpubr”包可以帮助你。请参阅“针对参考组的多个成对测试”部分： https://www.r-bloggers.com/add-p-values-and-significance-levels-to-ggplots/