列名中的破折号产生“找不到对象”错误

Question

我有一个函数可以从数据中生成散点图，其中提供了一个参数来选择用于为点着色的列。这是一个简化的版本：

library(ggplot2)

plot_gene <- function (df, gene) {
   ggplot(df, aes(x, y)) + 
     geom_point(aes_string(col = gene)) +
     scale_color_gradient()
}

其中df 是一个data.frame，其中包含x、y 列，然后是一堆基因名称。这适用于大多数基因名称；但是，有些有破折号，这些破折号：

print(plot_gene(df, "Gapdh")) # great!
print(plot_gene(df, "H2-Aa")) # Error: object "H2" not found

似乎gene 变量正在被解析（"H2-Aa" 变为H2 - Aa）。我怎样才能解决这个问题？有没有办法在aes_string中指明字符串不应该经过eval？

可重复输入

如果你需要一些输入来玩，这会像我的数据一样失败：

df <- data.frame(c(1,2), c(2,1), c(1,2), c(2,1))
colnames(df) <- c("x", "y", "Gapdh", "H2-Aa")

对于我的真实数据，我使用read.table(..., header=TRUE) 并获取带有破折号的列名，因为原始数据文件有它们。

Answer 1

通常，R 会非常努力地确保 data.frame 中的列名可以是有效的变量名。在使用使用非标准评估类型语法的函数时，使用非标准列名（那些不是有效的变量名）会导致问题。当专注于使用此类变量名称时，您通常必须将它们包装在反引号中。一般情况下

ggplot(df, aes(x, y)) + 
  geom_point(aes(col = H2-Aa)) +
  scale_color_gradient()
# Error in FUN(X[[i]], ...) : object 'H2' not found

会返回错误但是

ggplot(df, aes(x, y)) + 
  geom_point(aes(col = `H2-Aa`)) +
  scale_color_gradient()

会起作用的。

如果你真的想要，你可以粘贴反引号

geom_point(aes_string(col = paste0("`", gene, "`")))

或者您可以从一开始就将其视为一个符号并使用aes_q instread

geom_point(aes_q(col = as.name(gene)))

ggplot 的最新版本支持通过!! 转义，而不是使用aes_string 或aes_q，所以你可以这样做

geom_point(aes(col = !!rlang::sym(gene)))