我喜欢在多个细节层次上提供研究的想法，即为偶然好奇的人提供摘要，为更感兴趣的人提供全文，最后为在同一领域工作/试图重现您的结果的人提供数据和代码.在实际文本和数据/代码级别之间，我想插入另一层。也就是说，我想创建一种自动生成的附录，其中包含分析中的完整回归输出、诊断图、探索图数据配置文件等，无论 这些图/回归等是否进入了最终论文。
我的一个想法是编写一个脚本来自动检查 .Rnw 文件：
我们的想法是让这种事情变得省力，按钮式的东西，而不是像论文的其余部分那样编写正式的附录。我正在寻找的是关于如何以相对简单的方式在 R 中执行此操作的一些想法。我的预感是有一些方法可以通过命名空间，找出什么是什么，然后转储到 PDF 中。
想法？这样的东西已经存在了吗？
【问题讨论】：
我们在最近的 JASA 文章中对此进行了尝试：http://hdl.handle.net/1902.1/12174。你应该能够“制作”整篇论文。关于我们的复制存档需要注意的一件事：我们打包了我们使用的 R 包的版本。事实证明，随着人们改进他们的包，有时他们会更改默认值——这会破坏我们的构建。也许在未来，人们可能会分发一个包括 R 二进制文件的整个虚拟机，这将被称为 [回想一下 round(x,digits=) 是如何丢失其参数并从 R 版本到下一个版本的位置的——制作 round(digits=, x) 在没有警告的情况下提供无意义的结果？]。
无论如何，这是我们第一次尝试处理如此复杂的文档。我这里有一个较小的版本http://hdl.handle.net/1902.1/13376，它不使用 make。
【讨论】：
John，这听起来很有趣，但是如果您提供数据并且文章采用 sweave 格式，那么这个长日志文件会不会是多余的？
回到您的问题，您可能想要查看的一个包是 zelig，因为它“自动创建复制数据文件，以便您（或者，如果您愿意，其他任何人）可以复制您的分析结果（因此满足复制标准）”。不是您要查找的内容，但复制数据文件的概念可能会给您一些其他想法。请注意，现在有多个期刊正在使用复制数据文件。
【讨论】：