【问题标题】:Adding node labels to dendrogram plot in dendextend在dendextend中将节点标签添加到树状图
【发布时间】:2017-10-20 08:06:41
【问题描述】:

我有一个带有叶子和节点标签的树状图(class=phylo,使用 read.tree 读入)。将其转换为树状图类后,节点标签不再存在。但是,我想通过在某些节点顶部显示标签来绘制树状图(即在选定集群顶部以 NODE_1 等形式显示)。

有谁知道如何将节点标签添加到树状图类并将它们添加到绘图中? 类似这样的东西,但不是数字,而是 id-s 或标签,并且只有一些选择的节点有标签。

【问题讨论】:

  • 您可以使用get_nodes_xy,但我不确定如何管理如何存储和告诉每个节点要绘制什么的逻辑。

标签: r dendextend


【解决方案1】:

我会将您的树状图转换为带有as.phylophylo 类。绘图时你可以做plot(phylo, show.node.label = TRUE)

【讨论】:

  • 感谢您的建议,但似乎作为 phylo 绘图并没有显示比例,水平绘图不太容易,而且我不确定是否可以使用 color_branches()类。
  • @Liis Kolberg 您可以使用edge.color 为您的phylo 分支着色并设置您想要的颜色。使用add.scale.bar 函数,您可以绘制比例尺。
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