我如何只在相关矩阵中包含高于 0.6 的相关系数？答案

【问题标题】：How would I only include correlation coefficients above .6 in a correlation matrix?我如何只在相关矩阵中包含高于 0.6 的相关系数？
【发布时间】：2018-07-09 15:39:47
【问题描述】：

我试图在 R 中的相关矩阵中仅绘制相关系数高于 0.6 的关系。目前，我正在使用包“corr_test”来运行 Pearson 相关，然后我使用“ggcorrplot”来制作我的矩阵.如何修改我的代码以仅绘制强于 +.6/-.6 的相关系数？

以下是我当前的代码：

##New Pearson Correlation Script##
#Load in the stuff you dont have
install.packages("psych")
install.packages("ggcorrplot")
#Load it up
library("psych")
library("ggcorrplot")
library("ggplot2")
##Load in your datasets, just fill D1 if one matrix, load D2 as well if 2 matrices
D1 =class
D2 =metab
#Run the correlation
test =corr.test(D1, y = D2, use = "complete")
#r is the correlation matrix 
r = test$r
#p is the p-values
p = test$p

#plot it out 
testplot= ggcorrplot(r, method = "circle" ,lab_size= 0.3, tl.cex = 8, outline.col = "black", tl.col = "black")+
  theme(axis.text.y=element_text(size=9),
        axis.text.x = element_text(size=9, angle=90))
print(testplot)

单击Here（Google Drive 文件）查看我一直在使用的相关系数的小数据集。

谢谢！

【问题讨论】：

你的意思是相关系数绝对值大于0.6？
data(class) 给出Warning message: In data(class) : data set ‘class’ not found 和data(metab) 相同
我想给出我的整个代码，但提供的数据表已经有相关系数。我自己运行了相关性并提取了要绘制的系数
是的，当然是绝对值

标签： r correlation

【解决方案1】：

最后很简单，只需将所有低于0.6的绝对值设置为NA即可。

r2 <- r    # Save a copy in case you need it later
is.na(r) <- abs(r) < 0.6

#plot it out 
testplot= ggcorrplot(r, method = "circle" ,lab_size= 0.3, tl.cex = 8, outline.col = "black", tl.col = "black")+
  theme(axis.text.y=element_text(size=9),
        axis.text.x = element_text(size=9, angle=90))
print(testplot)

r <- r2    # reset
rm(r2)     # tidy up

【讨论】：

【解决方案2】：

在绘制之前，基于绝对值大于或等于 0.6 的子集。

r <- subset(r, abs(r) >= .6)

【讨论】：

当我尝试添加这个时，我得到这个错误： x[subset & !is.na(subset), vars, drop = drop] 中的错误: (下标) 逻辑下标太长
@Haley Odd。你介意分享r 的输出吗？由于我们没有您正在使用的数据集，因此很难重现此错误。或者，就使用@Rui 的建议，也一样好。