从数据框中删除值大于 -1 的列

Question

我正在尝试删除所有存在的值都大于 -1 的列（例如：-0.45 或 0.45）。但是，如果至少有一行的值等于或小于 -1（例如：-1.14），我想保留这些列。

我尝试了以下方法，但在数据表中出现错误：

i evaluates to a logical vector length 17645 but there are 24 rows. Recycling of logical i is no longer allowed as it hides more bugs than is worth the rare convenience. Explicitly use rep(...,length=.N) if you really need to recycle. 

原始DF（示例）

Cell    Gene1    Gene2      Gene3     Gene4      Gene5
Cell1   0.02    -1.100.2    0.002   -1.772.1    -0.0884
Cell2   0.19    -1.098.0    0.068   -1.837.0    0.0685
Cell3   0.13    -1.328.7    -1.580  -1.687.6    0.2554
Cell4   -0.032  -1.245.3    0.004   -1.528.4    -0.2037

所需的 DF（示例）

Cell    Gene2       Gene3     Gene4   
Cell1   -1.100.2    0.002   -1.772.1    
Cell2   -1.098.0    0.068   -1.837.0    
Cell3   -1.328.7    -1.580  -1.687.6    
Cell4   -1.245.3    0.004   -1.528.4    

过滤值的命令

desired_df <- original_df[sapply(original_df, function(x) max(x) <= -1)]

Answer 1

您还可以使用purrr 中的keep() 和discard()（在tidyverse 中）。您可以将它们与any() 和all() 结合使用。

我的示例使用mtcars，但这会转化为任何数据集。

library(purrr)

# keep all columns with any value less than or equal to 10
mtcars %>% 
  keep(~ any(. <= 10))

# remove all columns with all values greater than 10
mtcars %>% 
  discard(~ all(. > 10))

您可以根据需要将该功能设置为高级。这将保留一定百分比的值符合条件的列。

# keep all columns where 90% of the values are less than or equal to 10
mtcars %>% 
  keep(~ (sum(. <= 10) / length(.)) > 0.9)

Answer 2

下次尝试放置一些可重现的数据框，但考虑到您要查找的内容，以下应该可行：

library(dplyr)
desired_df <- original_df %>% select_if(~any(. <=-1 ))