通过循环列表名称命名元素答案

【问题标题】：naming element by looping names of list通过循环列表名称命名元素
【发布时间】：2019-12-10 15:46:55
【问题描述】：

对于可能具有误导性的标题和可能的重复帖子感到抱歉

我想创建一个循环，以 1:4 解析列表元素，并将其设置在 data.frame 中，并使用循环选择的元素名称。我从一个列表开始：

> names(peakAnnoList_chip)
[1] "CAPAN1_px8_JunB"    "CAPAN1_px13_JunB"   "Panc1_13_cjun"      "Panc1_px8_old_cJun"

> class(peakAnnoList_chip)
[1] "list"

然后我得到第一个元素：

> CAPAN1_px8_JunB <- as.data.frame(peakAnnoList_chip[[1]]@anno)
> class(CAPAN1_px8_JunB)
[1] "data.frame"

所以最后我可以做到：

write.table(CAPAN1_px8_JunB, 
            file = "CAPAN1_px8_JunB_annotation.txt",
            sep = "\t", 
            quote = F,
            row.names = F)

但我找不到将特定名称 (CAPAN1_px8_JunB) 设置为 data.frame 的优雅方法

有什么线索吗？

【问题讨论】：

标签： r for-loop

【解决方案1】：

一个选项是lapply 循环遍历“peakAnnoList_chip”的名称，提取“anno”并使用write.table将其写入不同的数据集

lapply(names(peakAnnoList_chip), function(nm) 
        write.table(peakAnnoList_chip[[nm]]@anno, 
    file = paste0(nm, "_annotation.txt"), sep="\t", quote = FALSE))

或者另一个选项是Map

Map(function(dat, nm) write.table(dat@nno, file =
      paste0(nm, "_annotation.txt"), sep="\t", quote = FALSE),
              peakAnnoList_chip, names(peakAnnoList_chip))

或者imap

library(purrr)
library(stringr)
imap(peakAnnoList_chip, ~ write.table(.x, file = str_c(.y, 
            "_annotation.txt"), sep="\t", quote = FALSE))

【讨论】：

谢谢你的回答，我会测试一下。还有一种优雅的方法可以在循环中命名： CAPAN1_px8_JunB
@sunta3iouxos 我会说不要在全局环境中创建多个对象，因为它效率低下并会产生问题
我绝对理解这一点（最好将所有特殊数据迭代到相同的元素中），但在某些情况下，我希望所有元素供将来参考，因为原始文件可能不再存在，或者甚至分享这些元素。
@sunta3iouxos 在这种情况下，您可以删除write.csv 部分并将其存储在list 中，然后再写入。即lst1 <- lapply(names(peakAnnoList_chip), function(nm) peakAnnoList_chip[[nm]]@anno); names(lst1) <- names(peakAnnoList_chip); list2env(lst1, .GlobalEnv) 在全局环境中创建对象
抱歉，还没测试