修复 Cytoscape (RCy3) 中的节点重叠答案

【问题标题】：Fix nodes overlap in Cytoscape (RCy3)修复 Cytoscape (RCy3) 中的节点重叠
【发布时间】：2021-12-29 08:56:40
【问题描述】：

我需要在节点上绘制带有标签的网络。节点名称的长度有时很短，有时很长。数据是动态生成的，所以每次都是随机的。

这是我的数据示例：

links=data.frame(
    source=c("AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA","AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA", "AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA", "AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA", "AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA","J", "BBBBBBBBB",
             "BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB", "CCCCCCCCCCC", "CCCCCCCCCCC", "D","IIIIIIII"),
    target=c("BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB","BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB", "CCCCCCCCCCC", "D", 
             "J","AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA","E", "F", "G", "H", "IIIIIIII","IIIIIIII")
)


library(RCy3)

nodes <- data.frame (id = unique(c(links$source,links$target)) )

createNetworkFromDataFrames(nodes, links, title="my first network", collection="DataFrame Example")

setNodeShapeDefault('RECTANGLE', style.name = "default")
setEdgeTargetArrowShapeDefault("ARROW", style.name = "default")
setNodeBorderColorDefault("#000000", style.name = "default")
setNodeColorDefault("#89D0F5", style.name = "default")
setNodeWidthDefault(130, style.name = "default")

exportImage("c:\\temp\\network_01.svg", 'svg')

这是我的结果图片：

标签不适合矩形，节点重叠。上部链接超出情节边缘。如何避免？

【问题讨论】：

标签： r cytoscape

【解决方案1】：

所以，您实际上是在问两个问题：

如何避免标签不适合节点：有两种方法。首先，由于您知道标签的长度，您可以轻松更改节点的宽度。其次，您可以使用 NODE_LABEL_WIDTH 属性包装标签并将其设置为节点的宽度。
如何确保上面的链接在图中：您需要做一个合适的内容，以便在添加完所有节点后调整图的大小。您可以使用 RCy3 fitContent() 方法或重做布局来做到这一点。

【讨论】：