无法通过 R 中的 getopt 包加载文件答案

【问题标题】：Failed to load file through getopt package in R无法通过 R 中的 getopt 包加载文件
【发布时间】：2019-02-18 00:33:27
【问题描述】：

我正在尝试使用 getopt 包打开我的文件，但代码似乎不起作用：

> library(getopt)
args <- commandArgs(trailingOnly = FALSE)

spec = matrix(c(
'help'   , 'h', 0, "character",
'input'  , 'i', 1, "file",
'output' , 'o', 1, "character"), byrow=TRUE, ncol=4)
opt = getopt(spec)
if(opt$input){
file <- read.table(args[1])
}
print(file)

我正在尝试使用命令行来运行以下代码：

Rscript --slave filename.R -i file.txt

错误信息是： storage.mode(peek.optstring) tryCatchList -> tryCatchOne -> doTryCatch 执行停止有人可以帮帮我吗？

【问题讨论】：

标签： r getopt

【解决方案1】：

您需要测试组件，如果给出了-i filename.txt，那么您使用opt$file 来访问它。

修复后的版本是

#!/usr/bin/Rscript

library(getopt)
spec <- matrix(c(
    'help'   , 'h', 0, "character",
    'input'  , 'i', 1, "character",
    'output' , 'o', 1, "character"),
    byrow=TRUE, ncol=4)
opt <- getopt(spec)

if ( !is.null(opt$input) ) {
    file <- read.table(opt$input)
}

print(file)

这个包我用的比较多，但最近我更喜欢docopt，它更容易使用，功能也更多。

【讨论】：

【解决方案2】：

如果其他人遇到同样的问题，我会收到同样的错误消息

Error in getopt_options(object, args) : 
  Error in storage.mode(this.argument) <- mode : invalid value
Calls: parse_args -> parse_options -> getopt_options

我的错误原来是我的类型参数不小心拼错了：

make_option(c("--chr_len"), type = 'chaqracter', default = NULL, help = "file path: length of all chromosomes")

这个错误在我修正拼写后得到解决

  make_option(c("--chr_len"), type = 'character', default = NULL, help = "file path: length of all chromosomes")

【讨论】：