R热图 - 如何获得统一的颜色图？答案

【问题标题】：R heatmap - how to get uniform colour map?R热图 - 如何获得统一的颜色图？
【发布时间】：2016-03-17 15:31:05
【问题描述】：

我正在尝试让热图在 R 中工作，但我注意到颜色图的一些相当不稳定的行为。从数据中提取的小片段：

data = matrix(c(0,0,1,1,1,2,2,2,2,2,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,0,0,0,0,0),5,5,byrow=TRUE)

这会产生一个 5x5 矩阵，其中三行分别被全 2、全 1 和全 0 占据。但是，当我尝试应用颜色贴图时，所有这三行都得到纯白色，而不是预期的不同颜色。

library(RColorBrewer)
heatmap(data,col=brewer.pal(3,'RdBu'),Colv=NA,Rowv=NA)

这不是选择的颜色图不稳定，当我打开默认颜色图时，我观察到类似的行为。这是怎么回事，我该如何让它消失？我希望 0 是一种颜色，1 是一种颜色，2 是一种颜色。在大范围内，我还需要能够将单独计算的树状图添加到行/列中，由于我无法控制的原因，树状图不能转换为 hclust，这使得 pheatmap 不是一个立即可行的解决方案。

【问题讨论】：

标签： r heatmap

【解决方案1】：

提交这个问题后，我立即找到了热图的比例选项。因此解决方案变为：

heatmap(data,col=brewer.pal(3,'RdBu'),Colv=NA,Rowv=NA,scale="none")

抱歉，我会现身的

【讨论】：