【发布时间】：2020-05-21 09:26:19
【问题描述】：
我正在使用 R heatmaply 包来生成交互式热图。我喜欢这个软件，但我想从中获得与使用pheatmap 包相同的颜色输出。因此，我希望这两个命令产生相同的输出：
heatmaply (scale (mtcars))
pheatmap (scale (mtcars))
有没有办法做到这一点？ 提前致谢。 阿图罗
【问题讨论】：
标签： r colors pheatmap heatmaply
【发布时间】：2020-05-21 09:26:19
【问题描述】：
您可以使用formals() 获取pheatmap() 的默认颜色参数。
formals(pheatmap)$color
# colorRampPalette(rev(brewer.pal(n = 7, name = "RdYlBu")))(100)
然后将heatmaply()的颜色参数设置为同一个：
col <- colorRampPalette(rev(RColorBrewer::brewer.pal(n = 7, name = "RdYlBu")))(100)
heatmaply(scale(mtcars), colors = col, grid_color = "grey60")
- 颜色函数
brewer.pal()来自RColorBrewer包，所以需要提前安装并加载::或library()。 -
heatmaply()中的grid_color对应pheatmap()中的border_color。
【讨论】：