获取 R 中的绘图大小（以像素为单位）

Question

我正在 R 中生成一个包含很多行的热图。
TL;DR 我如何获得 R 中绘图的实际大小？

df=data.frame(one=1:100,two=101:200,three=201:300)
names=1:100
names=paste0("Cell",names)
rownames(df)=(names)
pheatmap(df,scale="row")

默认图片适合窗口，但我们无法读取行名。

pheatmap(df,scale="row",cellheight = 10) 更改单元格高度可以让我们读取行名，但现在图像不适合窗口！

在这个例子中，我使用的是pheatmap，但也遇到了其他绘图生成包的问题。

虽然我已经开始期望 R 会出现这种令人沮丧的行为，并且通过反复试验可以为情节制作适当大小的图像，但这似乎是我应该能够从程序中获得的东西？

有没有办法自动获取绘图的尺寸，以便我可以为其创建正确大小的 PDF 或 PNG？

Answer 1

函数pheatmap 使用网格图形来绘制它的图，并在“bigpts”中指定其元素的大小，其中 72“bigpts”== 1 英寸。如果您有很多行并指定合理的行高，这将超出绘图窗口。

因为它被指定为gtree，所以我们实际上可以访问组件的高度和宽度，并使用它们来设置我们的png或pdf的尺寸。

此函数将获取绘图的总高度和宽度（以英寸为单位），并将它们返回到命名列表中：

get_plot_dims <- function(heat_map)
{
  plot_height <- sum(sapply(heat_map$gtable$heights, grid::convertHeight, "in"))
  plot_width  <- sum(sapply(heat_map$gtable$widths, grid::convertWidth, "in"))
  return(list(height = plot_height, width = plot_width))
}

我们可以使用它来指定绘图设备的尺寸：

my_plot <- pheatmap(df,scale="row", cellheight = 10)
plot_dims <- get_plot_dims(my_plot)

png("plot.png", height = plot_dims$height, width = plot_dims$width, units = "in", res = 72)
my_plot
dev.off()

这给出了所需的情节

请注意，这不是 R 图的通用解决方案，而是特定于 pheatmap 对象的解决方案。